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在中国,桃金娘广泛分布华南各地,是传统中药材资源,也是优良的新型观花观果的园林植物和乡村振兴的新型果品经济作物。通过开展我国野生桃金娘地理种源的收集与生境分析、桃金娘种源种群内和种群间遗传多样性分析与基因测序研究,可探讨其地理遗传差异及其生境的影响,揭示其种源遗传多样性特点及其变异的机理,为进一步的桃金娘的引种驯化提供理论依据和生产指导。本研究采用新一代单核苷酸多态性标记技术SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)对采自中国20个种源共179份野生桃金娘植株材料进行亲缘性差异遗传分析:使用MEGA X软件,基于邻接法(neighbor-joining),采用Kimura2-parameter模型,bootstrap重复1,000次,构建各样品的系统发育树。基于SNP,通过admixture软件,分析样品的群体结构,分别假设样品的分群数(K值)为1-20,进行聚类,并对聚类结果进行交叉验证,根据交叉验证错误率的估值确定最优分群数;基于SNP,通过EIGENSOFT软件,进行主成分分析,得到样品的主成分聚类情况;通过PCA分析比较桃金娘种源的亲缘疏近关系,将20个种源地的桃金娘材料按亲缘关系划分类群,辅助进化分析;结合种源地气候特征探讨桃金娘遗传多样性形成的环境原因,分析其地理种源遗传变异的机理。结果如下:(1)以番石榴(Psidium guajava)基因组为参考基因组,确定使用Rsa I+Hae III酶切,酶切效率达到95.72%,获得2,276,088个SLAF标签,平均测序深度11.86x,其中多态性的SLAF标签466,228个,共得到3,787,540个群体SNP;(2)构建系统发育树表明,桃金娘分布北缘的福州、平阳、泉州种群位于最基部位置,在进化关系上较为古老,而西部的百色、防城港、南宁种群较为进化,揭示了桃金娘在我国发生和扩展的路径;(3)对全部桃金娘种源的群体结构分群聚类分析表明,分群数K为8时,交叉验证错误率最低,全国的桃金娘种源分为8个亚群;(4)基于SNP差异程度的主成分分析表明,全国桃金娘可分为7个类群。上述研究结果为进一步开展桃金娘开发利用研究奠定了一定的基础。