十八大以来,中国经济增长方式开始由要素驱动向着创新驱动转变,中央提出了在“新常态”下的发展战略。在“新常态”下,皖江城市带除了肩负承接产业转移的重任外,还面临产业创新升级的压力,从而打造皖江示范区升级版。自主创新能力很大程度上决定一个区域经济发展的速度和质量,是增强区域竞争力的根本途径。与发达的沿海城市群相比,皖江城市带经济发展较为落后,各市区域创新能力相差较大。分析皖江城市带区域创新能力的差异,探明各市区域创新能力发展的优势和潜力,可为后面更好地进行产业转移和创新升级打下基础。本文用以2008-2013年的专利申请加权数作为当年的区域创新产出,分别计算出以人口和GDP进行加权后的Theil指数,对皖江城市带的区域创新能力差异进行分析,并将该差异分解为区域内和区域间差异；以2008-2013年皖江城市带的科技投入、R&D经费和专业技术人员数作为三种核心创新要素,分别计算出它们以人口和GDP进行加权后的Theil指数,分析皖江城市带核心创新要素的分布差异,用以解释皖江城市带区域创新能力差异的原因。结果表明皖江城市带区域创新能力差异主要集中在区域间,并呈逐步缩小趋势。根据研究结果本文提出了皖江城市带区域创新能力相关发展对策。