高校作为科研人才的聚集地,是科技成果重要供给来源,其科技成果转化情况对经济发展具有重要支撑作用。由于科技成果转化的高风险性及高校事业法人的特殊性,我国针对性地制定了不少税收优惠条款,以推进高校科技成果转化。但税收优惠政策运作中仍存在不少问题,难以真正发挥实效,科技成果转化率仍有提升空间。因此,完善高校科技成果转化税收优惠制度,打通税收优惠制度运行的堵点,能够有效推动高校科技成果转化的实现,从而达到社会经济效率提升的目的。首先,本文梳理了高校科技成果转化税收优惠制度,并从宏观和微观层面提炼出税收优惠运作存在的问题。其中,宏观问题包括税收优惠政策文件效力层级低、多部门主体下政策脱节、税务体系适用规则不一等;微观问题包括税收优惠主体不明确、税收优惠范围过窄、税收优惠方式欠合理、不同转化模式税收优惠差异大、申报程序复杂等。其次,本文通过对税收优惠政策作用原理及正当性阐释,在奠定高校科技成果转化税收优惠合理与正当性基础的同时,也为实操层面提供了方向指引。最后,回归宏观和微观层面存在的现实问题,针对性地提出相关建议,其中宏观指引包括提升税收优惠立法层次、加强部门间协同合作、统一税务体系内部适用规则、将税收优惠纳入预算规制范围等四个方面;微观指引包括明确税收优惠主体、扩大税收优惠范围、合理设计税收优惠方式、消除技术转让和技术入股的税收优惠差异等五个方面。