南疆地方鸡生活在帕米尔高原东坡,具有天然的海拔梯度,不同海拔的地方鸡表现出宏观性状和微观性状的差异。为对南疆地方鸡更好的保种、育种,本研究对南疆不同海拔的三个地区:塔县（TX,平均3200米）、乌恰县（WQ,平均2200米）、疏勒县和疏附县（SL,平均1100米）地方鸡的的遗传多样性和高原适应性进行探索:首先从质量性状、数量性状、羽毛进行差异分析;其次对COⅠ基因和D-loop区进行扩增,探讨其遗传多样性,并结合Gen Bank上其他品种鸡序列绘制进化树;最后结合全长转录组分析,以筛选高原适应性相关基因。主要研究内容和结果如下:（1）对不同海拔的三个地区共84只地方鸡的质量性状和数量性状进行统计、相关性分析和主成分分析。结果显示,在三个海拔梯度生活的地方鸡质量性状（冠型、被毛颜色、尾羽、喙、胫、虹膜）均具有多样性;而数量性状差异与海拔因素密切相关,其中三个地区地方鸡的体斜长和胫长与海拔高度成反比,且公鸡体重体尺数据显著大于母鸡。相关性分析发现,活体重与胸宽、胫长、胫围、体斜长、龙骨长、胸深显著（P＜0.05）正相关;与盆骨宽成负相关。主成分分析发现,对体重决定性最大的因素是胸宽。（2）对三个不同海拔地区的84只散养地方鸡的胸部羽毛结构进行了评定、测量和ANOVA统计分析。结果表明:羽毛总长度随海拔升高而显著增加;其中绒羽羽枝的密度随海拔的升高有所下降,但绒羽部分的绝对和相对长度都会随海拔的升高而显著增长,表明地方鸡适应极端低温的保温性能逐步改善;而其正羽羽枝的密度随海拔的降低而略有增加,这说明羽毛结构的差异不仅受到海拔高度的影响,还取决于饲养环境、饲管模式和营养条件。（3）以来自南疆高、中、低海拔的23只地方鸡为研究对象,进行mt DNA的COⅠ基因和D-loop区的全长序列SNP分析、系统发育分析,并基于COⅠ基因和D-loop区与NCBI上其他品种进行比较,构建系统发育树。结果表明:COⅠ基因在南疆地方鸡中存在2个突变位点,分为3个单倍型;其中Hap3为SL个体独有单倍型。D-loop区在三个海拔地方鸡中存在24个突变位点,分为11个单倍型;其中Hap2为TX个体独有单倍型,Hap6、Hap7和Hap8为WQ个体独有单倍型,Hap9、Hap10、Hap11为SL个体独有单倍型。结果说明COⅠ基因在三个地区稳定遗传,D-loop区具有更高的变异程度;SL与WQ和TX存在一定的基因交流;南疆地方鸡地理距离和遗传距离表现出一定的相关性。（4）对3只来自高、中、低海拔的南疆地方鸡的基因组进行全长转录组测序,对全长转录本进行差异表达和功能注释分析。三个地区地方鸡差异基因表达（DGPs）的数目分别为:SL和TX共266个,其中,上调110个,下调156个;SL和WQ共227个,其中上调82个,下调145个;TX和WQ共172个,其中上调96个,下调76个。找到三个地区地方鸡共同显著差异表达基因7个。其中两个表达量差异显著的基因S100A12和CTRP9为高原适应性相关基因。