长非编码RNA可以做为重要的细胞核组织与功能的调节者而发挥作用。长非编码RNA可以通过多种途径机制来调控基因表达，包括招募转录因子或者染色质修饰复合物至目的位点;与其他蛋白组成核糖核蛋白;与RNA结合蛋白相互作用调控局部蛋白浓度以及直接与其它RNA或DNA通过碱基互补配对相互作用等。本博士论文以两种不同类型的长非编码RNA为研究对象，结合多种分子生物学、细胞生物学及生物信息学的方法和手段，对两类长非编码RNA的加工成熟机制及功能方面进行探索研究。　　本博士论文第一章研究了内含子来源的长非编码RNA SLERT的加工成熟机制和功能。我们发现了两种未知的PolⅠ转录调控因子，即SLERT与RNA解旋酶DDX21，相互作用调控PolⅠ的转录。在核仁中DDX21可以围绕PolⅠ形成环状结构并与其转录相偶联。DDX21-环可以抑制PolⅠ的转录，而SLERT则可以解除这种抑制作用，从而产生更多的pre-rRNA。在分子水平上SLERT可以改变单个DDX21的分子构象，减弱DDX21与PolⅠ的相互作用，从而使PolⅠ更为活跃地在rDNA上进行转录。另外SLERT也可以促进细胞生长以及肿瘤发生，因此SLERT本身或者其与DDX21之间的相互作用可以作为潜在的癌症治疗靶点。　　本博士论文第二章研究了基因FOXD3反向转录本FAST的的加工成熟机制和功能。FAST在人源胚胎干细胞中高度表达，且其含量随着自发分化而逐渐降低。FAST主要定位在H9细胞的细胞质中，并且其表达具有组织特异性。进一步研究发现，FAST可以与泛素连接酶β-TrCP直接结合，抑制β-catenin的泛素化降解。通过此途径FAST可以激活Wnt信号通路，增强胚胎干细胞多能性相关转录因子的转录，从而维持胚胎干细胞的多能性。