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辣椒疫病是由辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leon.)侵染而引起的一种毁灭性土传病害，世界各地的辣椒主要栽培地区普遍发生。在适宜的温度和湿度条件下，一旦发病，蔓延极为迅速，常常对辣椒的生产造成严重的破坏。目前辣椒的疫病研究比较少，主要是资源少，而且辣椒抗疫病的遗传规律也尚未清楚，本研究旨在利用收集的辣椒抗疫病材料，开展抗疫病遗传规律研究，并筛选与抗性基因相连锁的分子标记研究，建立辣椒抗疫病分子标记辅助育种体系，对以后开展辣椒抗疫病育种具有一定的参考意义。
本研究以辣椒抗病自交系‘CM334’(P1)为母本、感病自交系‘949’(P2)为父本，通过杂交获得F1代及其自交获得F2代群体，反交F1，回交得到BC1(F1×P1)和BC1(F1×P2)世代种子。对试验材料进行苗期人工接种辣椒疫霉菌抗性鉴定，分析了辣椒疫病抗性的遗传规律。利用F2代群体，采用BSA方法，构建辣椒抗疫病、感疫病的DNA池，利用64对SRAP引物进行了筛选。取得以下结果：
1.通过对辣椒材料的苗期人工接种辣椒疫霉菌，试验结果表明：抗病亲本‘CM334’表现高抗疫病；而感病亲本‘949’幼苗在接种第15d，36株幼苗都枯萎死亡，表现高感疫病。F1代和反交F1代群体的各36株幼苗在接种第15d没有表现出任何病症，接种30d后也没有发生感病症状，表现高抗疫病，这表明‘CM334’的抗疫病性状属于细胞核遗传而非细胞质遗传。对F2代分离群体中有118株幼苗表现抗病，36株表现感病；BC1(F1×P1)代群体中154株幼苗都表现抗病；BC1(F1×P2)代群体中78株幼苗表现抗病，80株表现感病。对F2、BC1(F1×P1)、BC1(F1×P2)中抗感单株数进行X2测验，结果显示：‘CM334’的抗疫病性状由一个单显性基因控制。
2.64对SRAP引物组合中有21对能在亲本中扩增出多态性，21对引物组合对‘CM334’与‘949’的F2代分离群体进行筛选，找到了一个与抗病基因相连锁的SRAP分子标记，将其命名为SRAP.Me6/Em15-303。对该特异片段进行回收、克隆和测序，测序结果显示，该片段序列长度为303bp，在EBI数据库进行BLAST分析，发现与辣椒的clone BAC CaCM403E16有98％的同源性。根据测序结果设计SCAR特异引物，用特异引物对F2代分离单株进行扩增，该特异带在大多数抗性植株中能够扩增出，在感病植株中不能扩增出来，表明该标记成功转化为SCAR标记，命名为SCAR-303，该SCAR标记在‘CM334’中与抗疫病基因的遗传距离为12.5cM。