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毛樱桃（Prunus tomentosa Thub.,2n=16）隶属蔷薇科李属樱亚属，原产于我国，以野生为主，分布面积广泛，北至黑龙江，南至云南，适应性强，具有较强的抗旱和抗瘠薄能力，国内外利用毛樱桃做桃和李的矮化砧木,具有良好的亲和性，而与甜樱桃不亲和或亲和性差，但是吴晓刚等(2009)使用腹接和插皮，以甜樱桃作为接穗,毛樱桃作为砧木试验成功，并表现良好亲和性。为此，本研究采取SSR（Simple sequence repeats）分子标记技术对毛樱桃进行遗传多样性分析和遗传结构分析，引物选自于樱属的桃、杏和樱桃上已发表的引物，材料采自于秦岭山脉五个山谷，分别位于甘肃省天水市，陕西省华阴市，陕西省宝鸡市，陕西省西安市太白县和长安区。以期为桃、李和樱桃砧木育种及扩大其栽植范围提供理论依据。本研究从102对引物筛选出11对SSR多态性引物对秦岭五个居群11个亚居群104份毛樱桃材料进行了遗传多样性分析和遗传结构分析研究。研究主要结果有：（1）11对SSR引物对104份毛樱桃进行实验分析，共检测出110个等位位点，各引物扩增出的多态性带在5-13之间。观察到的平均等位基因数(A)为10，有效等位基因数（Ae）为7.5863。（2）秦岭山脉总群体多态位点比率（PPB）为81.62%。天水居群的多态性比率为69.55%，长安居群的为76.53%，太白居群的为81.36%，华阴居群的为85.00%，眉县居群的为92.17%。（3）各位点平均期望杂合度（He）为0.8640，其范围在0.7964-0.8431之间。说明秦岭毛樱桃具有较高的遗传多样性水平。根据据居群基因分化系数（FST=0.0812），其各居群的遗传分化主要存在于亚居群（91.88%）内，遗传变异居群种内高于种间，基于FST测得基因流Nm为2.8273。（4）平均Nei遗传距离为0.4897，香农信息指数为2.1019。基于Nei遗传距离所得的聚类图显示，11个亚居群被分为三组，第一组包括长安两个亚居群CA1和CA2；第二组包括两个较高海拔亚居群（天水亚居群TS1和TS2）和两个较低海拔亚居群（眉县亚居群MX1和MX2）；第三组三个较高海拔亚居群（华阴亚居群HY1、HY2和HY3）和两个较低海拔亚居群（太白亚居群TB1和TB2）。