在进入知识经济时代和经济全球化过程中,区域技术创新系统已成为区域经济发展和社会进步的牵引机。区域技术创新效率是决定地区经济长期持续发展的重要因素,是影响地区经济增长和地区竞争力的关键因素,因此如何提高区域技术创新效率已成为当今关注的焦点。本文在回顾国内外相关研究的基础上,简要分析了区域技术创新效率的基本涵义,介绍评价了2006年新疆大中型工业企业技术创新现状,并以我国30个省、直辖市、自治区2004年和2006年的大中型工业企业科技活动数据为样本,运用数据包络分析的B2C模型,使用DEAP2.1软件计算我国区域2006年大中型工业企业技术创新效率,重点对新疆企业技术创新效率进行分析。实证结果表明:新疆大中型工业企业技术创新效率在2006年是很低的,效率值为0.48,在全国排倒数第二,与发达地区有很大差距;仅从西北五省企业技术创新效率来看,新疆企业技术创新效率排名倒数第一。这表明提高新疆企业技术创新效率及缩小与其他地区的效率差距已是非常关键的问题。在实证研究的基础上,通过与广东、浙江及西北其他四省区的对比,本文分析了导致新疆大中型工业企业技术创新效率偏低的原因,并针对此提出了提高新疆企业技术创新效率的建议。最后,文章对后续研究进行了展望。