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本研究有三部分内容，第一部分以128份桃种质为材料，利用分布在桃基因组上的53对SSR引物对参试材料全基因组扫描，以基于连锁不平衡（Linkagedisequilibrium,LD）的关联分析方法，定位与桃果实肉质、粘离核和硬度相关联的标记位点；第二部分以27份我国地方桃品种、2份欧美桃品种（溶质19份，不溶质10份）为材料，测定EndoPG基因5′端高变区脱氧核苷酸序列，分析桃Endo-PG基因5′端高变异区遗传多态性及LD水平，同时利用关联分析法，分析序列多态性与果实肉质、粘离核的关联。第三部分以117份桃种质为材料，依据Endo-PG内含子区域的两个Indel设计2对特异性引物，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳法调查indel1和indel2在参试材料群体中的多态性分布，分析了indel1和indel2与肉质和粘离核的关系。得到主要结果如下：1.通过聚丙烯酰胺凝胶电泳检测，53对SSR引物在128份桃种质材料中共计检测到340个等位基因，平均每对引物有6.4个。其中CPSCT008、EPDCU2862、CPSCT044和UDP98-406等位点最少，为2个，引物BPPCT008、UDP98-407和CPPCT022等位点最多，为9个。2.利用基于数学模型的STRUCTURE软件，分析53对SSR引物基因型数据，结果128份桃种质材料分为4个亚群，27份材料归入Subpop1，41份材料归入Subpop2，30份材料归入Subpop3，30份归入Subpop4。并且计算出各个体归于亚群的Q值概率。在关联分析时Q可作为协变量，消除人为因素的主观划分。3．利用软件TASSEL2.1，分析标记位点间的LD水平，并在此基础上使用该软件的GLM模型，以各个体归入亚群的概率Q值作为协变量，分析4个表型包括带皮硬度、去皮硬度、粘离核和肉质性状与标记的关联，寻找与性状相关联的标记位点。结果显示在P<0.05水平下，共计找到19个与4个表型性状相关联的位点。其中，与粘离核、肉质、去皮硬度相关联的位点有5个，与带皮硬度关联的位点有4个。我们将NCBI公布的控制石头桃关键基因Pp-ACS1定位于在T×E遗传图谱的第2连锁群的32.7CM处，与我们关联的果实硬度最大解释率位点UDP96-013，位于同一连锁群，且相距4.9cM。因此关联分析可证明，Pp-ACS1是控制桃果实成熟软化的关键候选基因。同样关联分析得出了控制桃果实粘离核的关键候选基因Endo-PG。4．所得29份桃种质序列与GenBank中的3份同源序列进行序列比对，发现34个多态性位点，突变类型有其中16个为置换、13个颠换和3插入位点；利用这些多态性位点进行聚类，结果体现一定生态区划特征；连锁不平衡分析了667个位点组合，存在84个位点组合显著性（P＜0.01）连锁不平衡；关联分析表明位点546与表型性状肉质和粘离核显著性关联，该位点对肉质和粘离核的贡献率为54.31﹪和43.67﹪。5．通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析indel1和indel2在参试材料中的遗传多态性分布，结果表明indel2对果实的肉质性状和粘离核有一定影响。