清初,乾隆帝统一天山南北后,在新疆因地制宜采取军府制、札萨克制、伯克制和郡县制度等进行管辖,与之相配的是一套多元的法律制度,伊犁将军、各地蒙、回王公和伯克掌握着司法权力。1865年,阿古柏窃据新疆,设置宗教法庭,彻底颠覆了乾隆以来的司法制度。1877年左宗棠平定阿古柏叛乱后,根据新疆地区的实际状况,开始重建新疆的司法制度。左宗棠执政期间,清廷在新疆东路恢复了镇迪道原有的司法制度;在南路设置具有司法功能的善后局,这为新疆法制建设的内地化奠定了基础。1882年刘锦棠接替左宗棠,执政新疆。在他的大力推动下,在新疆南路,清廷设置郡县,裁撤伯克制度,把回王和伯克的司法权力收归地方官员;在新疆东路,清廷将哈密地区划归新疆省管辖,撤去哈密办事大臣,收回哈密回王管理回民的权力,由哈密通判办理当地事务;同时,清廷又安加镇迪道提刑按察使衔,使镇迪道掌管全疆刑名案件的审核权;在伊犁和塔尔巴哈台地区,清廷设置了伊塔道,由地方官员掌握司法权力,制约了伊犁将军的司法权力,至此,新疆的司法制度趋于完善。刘锦棠执政新疆期间,在推动新疆司法制度逐渐内地化的同时,也根据新疆特殊的地情、民情,提出对新疆地区命盗案件变通处理的奏议,得到了清廷的同意。此后新疆重大命盗案件可就近审理,立即执行,只需造具犯罪清册按季汇结,交由刑部审核。新疆置省前后的司法制度重建是新疆兵乱之后,特殊形势下的一种适时之举。虽然重建后的司法制度还存在着许多的局限,但客观上使得新疆法制与内地一体化,也为清末新疆司法制度的近代化奠定了坚实的基础。