胡锦涛总书记在2006年1月9日全国科学技术大会上的讲话中提出:到2020年,使我国的自主创新能力显著增强,科技促进经济社会发展和保障国家安全的能力显著增强,基础科学和前沿技术研究综合实力显著增强,取得一批在世界具有重大影响的科学技术成果,进入创新型国家行列,为全面建设小康社会提供强有力的支撑。南京市制订的科技发展目标中提出:到“十一五”期末,将南京初步建设成为具有较强创新能力的创新型城市,为到2015年建成在国内创新型城市中处于前列、在国际上有一定影响的创新型城市奠定基础。南京集中了众多的科研院所和大专院校,科技基础得天独厚。同时,南京的工业基础好、实力强,是科技创新的主体和主动力,南京在国内具有超前建成较强创新能力的创新型城市的基础。因此,如何保证南京工业企业具有较强的科技创新能力是当前乃至以后南京面临的重要课题。基于以上背景,本文首先回顾了企业科技创新能力相关理论文献,并对工业企业科技创新能力的有关概念进行了界定。接着通过充分利用两次经济普查数据资料,从科技创新基础条件、科技创新资金投入、科技创新人力投入、科技创新产出以及科技创新外部环境五个方面分析了南京工业企业科技创新能力的现状。再有,通过对现有评价方法的比较,本文选择了在综合评价领域上运用得相对成熟的非参数分析方法——DEA法来研究南京工业企业科技创新能力问题。根据DEA法构建指标体系的原则,构建了包括5个输入指标,2个输出指标的指标体系。实证分析部分,本文分为横向技术效率分析和纵向生产力指数分析两个方面。横向部分,将2008年南京市工业企业科技创新能力与省内和省外城市的技术效率进行比较;纵向部分,将2003-2008年南京市工业企业科技创新能力的动态变化进行比较。主要发现2008南京市的综合技术效率未达到DEA有效,纯技术效率排名相对靠后,存在浪费现象,2003-2008年的科技创新能力变动是因为效率变动、技术进步变动、纯技术效率变动是造成,而不是因为规模效率变动,其中纯技术效率变动是根本原因等。最后,本文分别从企业自身和政府保障两个角度提出了具有针对性的对策建议。