在经济快速发展和社会活动日益加剧的情况下，湿地作为生态系统中一个重要的组成部分，其内部结构、功能组织与生态系统健康都受到了不同程度的影响。河口湿地作为湿地的一个组成部分，处于流域出口与海洋的交互地带，一般经济比较发达、人类活动频繁、干扰强度大，其生态环境、内部组织和功能结构又极易受到上游流域的影响，其生态系统健康状况受到很大的威胁。因此，对河口湿地生态系统健康进行研究，能为河口湿地生态系统保护和恢复提供决策支持，对于实现生态、社会、经济的协调发展具有重要意义。本文在总结了国内外学者关于湿地生态系统健康评价研究状况的基础上，对河口湿地自然环境健康指标、河口湿地功能健康指标和河口湿地人文健康环境指标三大指标评价体系进行了研究，提出了河口湿地生态系统健康综合评价的定量分析方法。本文以上海市九段沙河口湿地生态系统健康评价为例，运用GIS技术结合现代数学分析方法，设计与开发了九段沙河口湿地生态系统健康评价信息系统，并实现了基于WebGIS技术的河口湿地生态健康空间信息发布系统。本文首先阐明了湿地生态系统健康的概念，分析了湿地生态系统健康评价的国内外研究现状与存在的问题。其次，论述了本文所运用到GIS的关键理论与技术，并对河口湿地生态系统健康评价方法和模型进行了研究。而后，对河口湿地生态系统健康评价GIS系统和WebGIS技术支持下的空间信息发布系统进行了设计与开发，在此基础上对九段沙河口湿地生态系统健康进行了评价。最后，对论文的研究工作进行总结，提出今后深入研究的方向。