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菌糠是食用菌产业的副产品，大部分菌糠都被焚烧处理，这既对环境不利又不经济。另外，菌糠的难以处理也限制了食用菌产业的发展。作为一种木质纤维素材料，其所含的纤维素和半纤维素可以被转化成还原糖，用来生产酒精和其它高附加值的生物产品。本论文研究了菌糠的碱预处理工艺，分别在较温和条件下探索了KOH、Ca(OH)2和氨水三种碱性试剂的最优预处理条件。在最优条件下(1M KOH,80℃,90min;1M Ca(OH)2,80℃,120min;10M氨水,70℃,120min)，糖产量分别可达到258.6,204.2和251.2mg/g原料菌糠，是未处理菌糠的6.15,4.86及5.98倍。另外，也研究了以上三种碱性试剂及稀硫酸对菌糠组分与结构的影响，并进行了对比。预处理成本和环境污染是木质纤维素原料转化为还原糖所面对的主要问题。本研究首次提出了酸碱混合预处理-酶解糖化工艺，所采用试剂为KOH、氨水和稀硫酸，降低了预处理成本，并避免了预处理过程中的污染问题。采用KOH、氨水和稀硫酸预处理菌糠的比例为1:1:0.8，酶用量为25FPU/g纤维素酶，250XU/g木聚糖酶时获得了最高的还原糖产量，为254.7mg/g。该工艺不需过滤、洗涤以及添加缓冲溶液，且无预处理液排放，预处理混合液可直接提供酶解环境，有着良好的经济价值和环境效益。本研究将酸碱混合预处理-酶解糖化后的菌糠残渣和酶解液进行半固态发酵利用Pichia farinose FL7制备得到了解磷菌菌肥，结果证明制备过程仅需9%的酶解液，菌体量可达3.0×108cfu/g菌肥。这为生物质残渣及酶解液的利用提供了新的途径，而且，酶解液中的NH4+、K+等离子也能进一步提高菌肥的效力。本研究还利用菌糠作为碳源对一株白腐真菌Phanerochaete chrysosporium进行培养，发现该菌株对菌糠中的半纤维素和木质素的具有较强的降解能力，在菌糠的生物预处理领域具有很好的潜力。