酵母菌是研究糖蛋白(结构、生物学功能)最好的生物模型之一,糖蛋白作为一类具有重要生物学功能的生物大分子在许多生命过程中发挥关键作用。已知酵母糖蛋白和人类糖蛋白在内质网上的N-糖基化途径具有保守型,因此对酵母蛋白的表征研究有助于推进对癌症、人类先天性糖基化异常疾病的研究。糖蛋白的糖基化分析通常需要将待分析的蛋白质酶解后在肽的水平上对糖肽进行氨基酸序列分析(以鉴定糖基化位点)和糖链结构分析。以获取糖基化结构信息为目的的酵母蛋白质研究能够为深入了解糖蛋白生物学功能提供有力帮助。目前,糖基化分析技术中仍存在若干难点问题,例如糖蛋白的分离纯化、糖肽的选择性富集以及糖肽结构的质谱分析等。针对这些问题,本论文尝试通过发展基于新型反相色谱分离材料的糖蛋白分离方法和糖肽亲水富集方法,实现糖蛋白的高效分离和糖肽的高选择性富集,并将此方法应用于酵母表达糖蛋白的分离和糖基化结构鉴定中。本文采用自主研发的反相C8MHA色谱柱,以卵清蛋白为对象,通过色谱条件的优化系统的评价了 C8MHA柱的分辨率和重复性并建立了蛋白的分离方法,色谱评价结果表明C8MHA在标准蛋白质的分离方面具有很好的反相色谱分离能力。同时,采用自主研发的亲水性材料XAmide,以三种糖蛋白为对象,通过对富集条件进行优化,系统评价了 XAmide的糖肽选择性和覆盖率并建立了糖肽富集方法,采用此方法共富集共得到RNase B糖肽13条,IgG糖肽16条,AGP糖肽151条。XAmide富集结果与未采用富集手段进行样品前处理的结果相比,具有一定的优势,与本实验室发展的糖功能化材料ClickMaltose富集结果相当,好于商品化材料Sepharose的富集结果。将上述的糖蛋白分离方法、糖肽富集方法和实验室发展的一套简单有效的鉴定糖肽结构的糖基化分析方法应用到酵母表达的菊芋酶蛋白进行质谱分析中。实验得到两条糖肽,两条肽段上连有的糖链具有微不均一性,且均为高甘露糖型糖蛋白。本研究为酵母蛋白质结构与功能的研究提供有力帮助并为C8MHA柱及富集材料XAmide在糖蛋白质组学分析中的应用提供了有力支持。