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短颌鲚与太湖新银鱼都是具有重要经济价值的特有鱼类。近年来由于环境污染、过度捕捞和水利工程等原因,导致这两种鱼类的天然资源下降,遗传多样性水平降低。在三峡大坝建成以后,三峡库区的水域生态环境发生改变,短颌鲚与太湖新银鱼在三峡库区逐渐形成一定规模的种群。为更好的了解三峡库区这两种鱼的群体遗传多样性状况,为它们的资源保护和管理提供基础数据,本研究以从三峡库区和洞庭湖分别采集到的24尾、24尾短颌鲚,25尾和70尾太湖新银鱼为实验对象,运用形态学和分子生物学方法,比较了三峡库区群体和洞庭湖群体两种鱼类的形态学特征;分析测定了三峡库区短颌鲚线粒体基因组DNA全序列;根据两个短颌鲚群体线粒体D-Loop序列比较了它们之间遗传多样性差异;利用线粒体DNA的12sRNA、16sRNA、COⅠ、ND1的组合序列比较了两个群体太湖新银鱼的遗传多样性。主要研究结果如下:1.三峡库区的鲚属鱼类通过检索表进鉴定时因上颌骨长度标准不清晰而不能准确定位,但最终通过形态学观察和测量并依据袁传宓的分类依据鉴定为短颌鲚。形态学分析中两个短颌鲚群体中的16个性状中有6个性状有差异,三峡库区群体分析出5个主成分,洞庭湖群体分析出4个主成分,年龄结构显示两个群体均表现为低龄化,其中洞庭湖群体的低龄化较三峡库区群体更甚:三峡库区群体2龄个体占群体的大部分为56.7%,洞庭湖群体1龄个体占群体的大部分为60%。2.三峡库区短颌鲚的线粒体全序列长度为16865,包括13个编码蛋白、22个tRNA、2个rRNA和一个D-Loop序列。从线粒体基因组全序列来看,与下游洞庭湖短颌鲚的线粒体全序列较为相似,有17处碱基不同,仅为0.33%的差别。3.基于线粒体DNA的D-Loop序列比较两群体之间的多样性:短颌鲚48个样本中共检测到变异位点(S)16个,突变总数22个,共检测到19个不同的单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.883±0.037,核苷酸多样性(π)为0.00523,平均核苷酸差异数(K)为2.771;其中三峡库区群体变异位点(S)9个、突变总数7个、核苷酸多样性(π)为0.00444,洞庭湖群体变异异位点(S)6个、突变总数7个、核苷酸多样性(π)为0.0017。两群体之间的遗传距离为0.00454。4.基于线粒体DNA的12sRNA、16sRNA、COⅠ、ND1的组合序列对两太湖新银鱼群体多样性分析:在两个群体的95太湖新银鱼样中(其中100尾银鱼样本中有5尾是短吻间银鱼),共检测到变异位点(S)36个,突变总数37个,共检测到18个不同的单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.558±0.058,核苷酸多样性(π)为0.00060,平均核苷酸差异数(K)为1.409。洞庭湖群体单倍型数24个、变异异位点(S)24个、突变总数59个、单倍型多样性0.730核苷酸多样性(π)为0.0013、平均核苷酸差异3.158;三峡库区群体单倍型数3、变异异位点(S)3个、突变总数2个、单倍型多样性0.075、核苷酸多样性(π)为0.00023、平均核苷酸差异0.533。两群体之间的遗传距离为0.0049。综上,本研究首次对长江三峡库区三峡库区新发现的鲚属鱼类种群样本进行了物种的形态学和线粒体全基因组序列分析鉴定确定其为短颌鲚(Coilia brachygnathus),通过线粒体D-Loop序列对三峡库区短颌鲚群体和洞庭湖的遗传多样性进行分析发现两个群体遗传距离高度相近,提示库区群体很可能来源于下游;利用线粒体基因组中的4个保守基因序列比较分析了三峡库区采集到的太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)与洞庭湖群体的遗传多样性和遗传距离。结果表明两群体之间亲缘关系较近。研究结果提示,三峡水库建成后,鱼类生境发生巨大改变,导致库区鱼类群落结构逐渐向“湖泊化”方向演变,大坝建设对水生态系统的影响效果开始显现。