21世纪初期，中国高校进入快速发展期。医科类高校作为培养医学类专业相关人才的教育组织机构的重要组成部分，学生人数不断增多，高校规模不断扩展，由此出现大部分医科类高校在短短的四、五年之内发展成在校生规模庞大的大型或巨型非营利性组织。随着医科类高校社会职能的不断深化，其从最基本的教学功能，逐渐增加了科研和社会服务等功能，而资金来源也由单一的财政拨款，发展成多元化的资金来源，随之而来的医科类高校的内部管理也日趋复杂。通过营造高校内部控制环境，建立合理的法人治理结构，优化业务流程，建立内部控制与监督机制，以此来科学有效的提高医科类高校的管理效率。本文以中央支持地方高校发展专项资金为切入点，按专项资金的事前管理、事中管理及事后管理的管理流程，分析出现存的五个高校内部控制普遍存在的问题。并通过重庆M大学和新疆X大学这两所医科大学的中央专项资金的使用情况，对比分析说明各自的优缺点，提出改进方法。