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到目前为止，系统的红树林真细菌多样性知之甚少。应用不依赖传统培养的分子生态学方法，我们对广东深圳内伶仃岛国家保护区红树林生境的表层底泥的真细菌群落进行了整体的研究和分析。本研究使用了基于近乎全长的16SrRNA基因作为分子标记的系统分析技术，发现存在该环境的序列很多都是比较新的。通过对克隆文库真细菌序列的分析发现，丰度最高的类群是Proteobacteria。属于该类群的全部五个亚类群都被检测到。按丰度高低依次为：gamma(29％)，epsilon(17％)，alpha(11.5％)，delta(8％)，beta(2％)。该类群占据整个文库的67％左右，成为红树林底泥中的优势类群。对于属于Gammaproteobcteria的序列，很多都属于自由生或者共生的硫氧化细菌(sulfuroxidizingbacteria,SOB)。对于Epsilonproteobacteria的序列，我们仅检测到一种序列类型。通过Blast发现，该序列与一系列来源于深海的序列聚类在一起。而在Deltaproteobacteria类群中，占主要优势的序列型属于厌氧的硫酸盐或金属还原细菌序列。除了Proteobacteria外，其他的序列类型按丰度高低的顺序依次为Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides(CFB)group(9％)，Actinobacteria(6％)，Chiloroflexi(5％)，Firmicutes(4％)，Fusobacteria(1％)，Chlamydiae/Verrucomicrobiagroup(＜1％)，Fibrobacteres/Acidobacteriagroup(＜1％)和Planctomycetes(＜1％)。本研究所检测到的序列中，其中一些和已经发表的用传统方法从红树林生境分离出来的细菌序列是基本一致的，该部分细菌在红树林生态系统中的功能和角色也已有不同程度的阐明。尽管如此，本研究很多序列与数据库已知序列相比，显示了相对较低的相似性。据此我们推测这些序列有可能代表了新的种或属分类。到目前为止，该研究首次了利用rRNA分子生态学方法揭示了红树林生态系统底泥的真细菌群落结构的整体面貌。所得到的结果有力地扩展了目前对独特的红树林生态环境微生物匮乏的了解，为以后进一步的深入研究奠定了基础。