基于网络药理学分析“半夏—川芎”药对治疗冠心病的作用机制

来源 :广西中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chenhaun0702
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目的:筛选半夏-川芎药对治疗冠心病的有效成分以及其成分作用的靶点,建立药物-成分-靶点-疾病网络,探讨半夏-川芎药对治疗冠心病的作用机制。方法:在TCMSP数据库中筛选出药物的有效成分和成分作用靶点。利用Uniprot数据库筛除药物的非人类靶点并校正为官方名称。通过OMIM数据库、Gene Cards数据库、Dis Ge NET数据库和Drug Bank数据库获取半夏-川芎药对治疗冠心病的相关靶点。利用Cytoscape构建半夏-川芎药对治疗冠心病的“中药-有效成分-作用靶点”网络图及“半夏、川芎药对-冠心病”网络图。利用Network Analyzer工具对网络图进行计算,根据度值(degree)筛选出核心成分。在String数据库获取交集靶点蛋白的高置信度交互作用关系,在Cytoscape软件中构建交集靶点蛋白的相互作用网络,并筛选核心蛋白。利用Metascape平台对潜在作用靶点进行GO功能、KEGG通路的富集分析,并在Cytoscape软件中构建“半夏、川芎药对-冠心病-机制”网络图。选取核心成分及核心蛋白进行分子对接,通过Pub Chem数据库下载核心成分结构,PDB数据库获取核心蛋白的结构,利用Autodock软件进行分子对接模拟验证,并将结果可视化。结果:1.半夏、川芎药对的有效成分和成分作用靶点:利用TCMSP平台,共筛选到满足OB>30%、DL>0.18的有效成分20种,共收集到有效成分的成分作用靶点214个。其中有2种成分无作用靶点,还有1种成分的作用靶点在Uniprot数据库中未能获取匹配的官方名称,故舍弃。最终获得半夏-川芎药对有效成分17种,半夏含有11种有效成分,川芎含有6种有效成分。214个成分作用靶点删除重复后得到101成分作用个靶点。2.冠心病相关靶点和交集靶点:基于OMIM数据库、Gene Cards数据库、Dis Ge NET数据库及Drug Bank数据库筛选冠心病的相关靶点,将这4个数据库的靶点整理、去除重复后,最终得到冠心病相关靶点一共3024个。药物与疾病的交集靶点共有48个。3.半夏-川芎药对治疗冠心病的“中药-有效成分-作用靶点”网络图及“半夏、川芎药对-冠心病”网络图:基于Cytoscape软件构建半夏-川芎药对治疗冠心病的“中药-有效成分-作用靶点”网络图,网络共有120个节点和214条边。基于Cytoscape软件构建半夏-川芎药对治疗冠心病的“半夏、川芎药对-冠心病”网络图,网络共有121个节点和262条边,包括了1个疾病节点,2个药物节点,17个有效成分节点,101个靶点节点。利用Cyto NCA插件的进行拓扑学分析,以度值(Degree值)作为参考依据,排名靠前的有效成分是Beta-sitosterol(β-谷甾醇)、Baicalein(黄芩素)、Stigmasterol(豆甾醇)、Cavidine(卡维丁)、Myricanone(杨梅酮)、Coniferin(松柏苷)等6种有效成分。故预测β-谷甾醇、黄芩素、豆甾醇、卡维丁、杨梅酮、松柏苷为半夏-川芎药对治疗冠心病的核心成分。4.靶点蛋白PPI网络:基于String数据库反馈的交集靶点蛋白的高置信度交互作用信息,在Cytoscape软件中构建半夏-川芎药对治疗冠心病的靶点蛋白PPI网络,隐藏网络中无联系的节点。根据“连接度值(Degree)”中位数2倍为卡值,排除边缘基因后,再以“连接度(Degree)、介度(Betweenness)及紧密度(Closeness)”中位数为卡值,结果进行可视化,构建蛋白互作作用的核心网络图。根据核心网络图及Cytoscape3.6.1软件中的Cyto Hubba插件MCC算法,进行拓扑分析计算出排名靠前的核心蛋白,最终得到核心蛋白12个,AKT1、TP53、VEGFA、MMP9、PTGS2、HIF1A、PPARG、CASP3、FOS、ESR1、MAPK14、NR3C1。5.富集分析结果:通过Metascape平台进行GO分析和KEGG通路分析,GO分析结果显示:得到83个分子功能条目,基因主要富集在核受体活性、蛋白质异源二聚作用、转录因子结合、细胞因子活性、受体结合、血红素结合、蛋白结合、酶结合等功能上;得到483个生物过程条目,以血液循环、细胞对有机环化合物反应、细胞对外刺激反应、细胞对缺氧反应、对无机物质的反应、蛋白质磷酸化的正向调节、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等过程为主;得到43个细胞组分条目,主要以细胞核、细胞外间隙及质膜为主。KEGG分析得到186个条目,主要涉及细胞凋亡、内分泌抵抗、流体剪切应力与动脉粥样硬化、鞘脂类信号通路、心肌细胞的肾上腺素能信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路及NF-κB信号转导通路等信号通路以治疗冠心病。6.半夏、川芎药对-冠心病-机制网络图:运用Cyto Scape3.7.1构建“半夏、川芎药对-冠心病-机制”网络图,网络涉及2种药物,16种有效成分,48个作用靶点,20个生物过程,19条通路,体现了半夏-川芎药对治疗冠心病是由多种有效成分、多个靶点、多条途径共同发挥作用。7.分子对接模拟试验:通过Pub Chem数据库下载获得核心成分的结构,PDB数据库下载获得核心蛋白结构,使用Autodock Vina进行分子对接,得出相应的计算结果。以对接评分Affinity来筛选结合活性较好的有效成分与靶点。结果显示,所有核心成分与核心蛋白的对接评分Affinity均≤-5.0 kcal·mol-1,说明构象比较稳定,可以形成稳定的氢键和疏水相互作用。所有核心成分可与核心蛋白结合发挥作用,通过激活或抑制核心蛋白相关通路达到治疗冠心病的效果。结论:1.半夏-川芎药对治疗冠心病体现了痰瘀同治,两药相配伍,化痰散结,活血祛瘀,适用于冠心病之痰瘀互结证。2.半夏-川芎药对治疗冠心病是由多种有效成分共同发挥作用,其中β-谷甾醇、黄芩素、豆甾醇、卡维丁、杨梅酮、松柏苷等可能成为半夏-川芎药对治疗冠心病的核心成分。3.半夏-川芎药对的有效成分可作用于多个靶点,半夏-川芎药对主要通过AKT1、TP53、VEGFA、MMP9、PTGS2、HIF1A、PPARG、CASP3、FOS、ESR1、MAPK14、NR3C1等靶点治疗冠心病,以上靶点可作为半夏-川芎药对治疗冠心病的核心靶点。4.半夏-川芎药对主要通过血液循环、细胞对有机环化合物反应等生物过程,核受体活性、蛋白质异源二聚作用等分子功能发挥治疗冠心病的作用。涉及的信号通路包括细胞凋亡、鞘脂类、HIF-1、PI3K-Akt、MAPK、TNF及NF-κB等。
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