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影响居群遗传多样性的因素很多，繁育系统被认为是最主要的因素。本研究使用ISSR分子标记的方法对具有自交交配系统的植物黄花大苞姜(Caulokaempferia coenobialis)进行遗传多样性分析，揭示了它的遗传变异大小以及遗传分布格局，探讨了交配系统对遗传多样性的影响，最后针对该物种遗传结构提出保护建议。 首先，本研究建立了适合于黄花大苞姜的ISSR-RCR反应体系(20μL)：2.0μL10×PCRbuffer、50ngDNA模板、1.0μmol/L引物、0.2mmol/LdNTP、1.5mmol/LMg2+和1.5UTaq聚合酶。不同引物的最佳反应体系不同，但是差别甚小。 本研究利用12条ISSR引物对黄花大苞姜11个居群共209个个体进行遗传多样性检测，共检测到167个清晰、可重复的有效条带，其中多态性条带有155个，多态性位点百分率PPB=92.81％。数据分析结果显示：在物种水平，Nei’s基因基因多样性H=0.3455、Shannon信息多样性指数I=0.5085，表明黄花大苞姜在物种水平具有较高的遗传多样性。而居群水平上的遗传多样性相对较低：PPB在27.54％～58.08％之间，平均为45.51％，H在0.1059～0.2247之间，平均为0.1746，I在0.1560～0.3301之间，平均为0.2564。 本研究进一步使用POPGENE分析黄花大苞姜的遗传变异分布格局。结果显示居群间的基因分化系数Gst为0.4946，表明有49.46％的遗传变异存在于居群间，50.54％的遗传变异存在于居群内，居群间出现一定分化。黄花大苞姜基因流的检测Nm为0.5109<1，表明居群间基因交流有限，加强了居群间分化。AMOVA分析结果与POPGENE分析结果一致。 对黄花大苞姜的Nei’s遗传相似度做UPGAM聚类分析，结果显示，广东和广西地区居群存在交叉聚类现象，表明地理距离与遗传相似度无关。 本研究推测：黄花大苞姜的遗传多样性与其繁育系统及其演化有关。在进化史上黄花大苞姜曾经经历过异交时期，积累了大量的遗传变异，奠定了其较高的遗传多样性水平。目前其处于自交交配系统时期，由于交配系统、地理隔离和种子散布受限，使基因流受限，导致居群间出现一定分化。根据黄花大苞姜的遗传结构建议就地保护其居群，结合人为创造基因流，并保护其适宜的生存环境。