随着我国经济的发展和改革开放的深入,我国的税制已经无法跟上经济发展的步伐,尤其是营业税的重复征税等问题,严重制约着企业的发展,特别是第三产业的发展。2012年1月1日,“营改增”首先在上海市进行试点,掀起了我国税制的新一轮改革浪潮；自2014年1月1日起,铁路运输和邮政服务业亦被纳入“营改增”试点范围内,至此整个交通运输业已全部被纳入改革范围。“营改增”的目的在于优化产业结构,促进产业的升级,实现结构性减税。交通运输业作为基础性行业,在国民经济中占据重要地位,对交通运输行业进行营改增改革必定产生极大的意义。此外,在交通运输业改征增值税之前,交通运输企业支付的运输费用,在取得运输发票后可按7%的抵扣率抵扣进项税额,同时多年的征收管理使得税务机关对运输发票等相关抵扣凭证的管理也日渐完善,首先选取交通运输业进行改革具有良好的基础,但在“营改增”改革过程中部分企业税负出现不降反升的现象已引起多方关注。鉴于此,论文以交通运输业“营改增”为背景,阐述了交通运输业的相关概念以及“营改增”的相关理论基础,其次是分析了当前交通运输业的现状以及“营改增”的进程,并指出了交通运输业“营改增”实施过程中存在的一些问题,主要有部分企业税收负担加重,一般纳税人认定标准过高,可抵扣的进项税额较少,税收征管难度较大,增值税发票获取困难以及主辅业分离征管难度大等,并对存在的问题的成因进行分析。同时依据一定的分类标准和数据选取原则,选择部分交通运输行业上市公司,作为研究样本,分析其税收负担率的变动以及税负变化的影响因素,同时借鉴国外交通运输业征收增值税的经验,提出完善交通运输业增值税制度,适当降低税率,完善税收优惠政策,完善交通运输业税收征管制度等措施,使企业能够享受到“营改增”所带来的税收福利,使国家能够真正实现“营改增”的初衷,达到结构性减税的目的。这不仅有利于理论结合实践,更具有实效性和针对性,同时能够对其他行业进行增值税改革提供丰富的建议。