医疗保障体制的改革一直是困扰世界各国的一个难题,由于其供给和需求双方面的特殊性,决定了医疗保障改革不仅仅是一种机制创新,也是从深层次协调和平衡各利益主体间关系的制度创新。在社会转型的关键时期,医疗保障制度的建立和完善对于体现社会公平、缓解转型期的各种矛盾都有着重要的意义。中国的医疗卫生筹资水平和资源分配公平性长期以来处于世界落后状态。2003年以来中国政府在全国建立了新型农村合作医疗制度(以下简称“新农合制度”),这一制度对于保障农村居民的医疗需求,减轻农村居民的医疗经济负担起到了积极的作用。在全民医保的目标导向下,新农合制度显然是政府在城乡二元结构下推行的过渡性制度安排。因此,完善和发展新农合制度,并且使之与全民医保制度实现良好对接,既体现出新农合制度的实践价值,也是对新农合制度的巨大挑战。探讨如何在欠发达地区的资源约束条件下完善新农合制度,是一个在理论和实践层面都具有重大意义的研究课题,其意义在于：全面梳理新农合制度存在的问题,从而加深其对农村发展影响的认识；通过对欠发达地区医保问题根源与政策分析,突出其在中国医疗保障中的短板意义和代表意义,为全面医保导向下的新农合制度过渡与变迁提供理论依据、政策建议和可选择性策略。本文通过具体案例,深入探讨了欠发达地区新农合制度改革的特点和难点,以及新农合制度向全民医保过渡的主要问题。本文试图解答这些问题：欠发达地区新农合制度在运行中有哪些特殊性,存在着哪些问题?全民医保目标导向对新农合制度提出了哪些新的要求?欠发达地区新农合制度与全民医保制度之间的差距表现在哪些方面?在进行新农合制度创新时要遵循的时序和路径是怎样的?围绕着这些问题,本文的主要研究内容包括：欠发达地区新农合制度变迁及问题；全民医保制度中的目标内涵及政策结构与核心内容；欠发达地区新农合制度运行现状与全民医保框架下的主要差距；基于全民医保的新农合制度创新路径与对策措施。研究选用了具有典型欠发达特征的甘肃省作为新农合制度推行的样本,运用问卷调查、入户访谈、数据的统计分析和案例研究等方法,认识和把握新农合制度的运行状况。在对国外典型医疗保障制度政策和模式比较研究的基础上,结合理论研究成果,通过对影响新农合制度向全民医保过渡的核心因素,即筹资机制、补偿机制和管理机制的研究,提出了全民医保导向下欠发达地区新农合制度与政策分析的理论框架,并就新农合制度创新的途径和对策问题根据其涉及问题的复杂性和难易程度,运用二维分析方法进行归类,得出了新农合制度向全民医保过渡的一系列创新结论。作为本研究的结论,论文认为全民医保目标导向下新农合制度的创新可以从以下三方面依次实施：首先,从管理方法和制度创新的实施难度考虑,优先提升新农合制度的保障水平、报销效率以及补偿公平性,让农民感受到新农合制度的优越性,提升农民对新农合制度的认同度,使制度运行逐渐进入良性循环轨道；其次,从医疗机构的视角,应重点关注对医疗机构的偿付制度以及医疗机构监督机制的完善,以此为切入点,逐步推进药品供应体系、公立医院治理等方面的改革；最后,不断突破新农合制度建设过程中的资源约束,逐步转化农户根深蒂固的传统观念,使新农合制度不断调整完善,并为最终实现全民医保目标打下制度基础。