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PRRS是流行最广的接触性传染病,给全世界的养猪业带来巨大的经济损失。特别是2006年以来,HP-PRRSV肆虐中国养猪业,给中国的养猪业带来巨大的创伤。广西是养猪大省,PRRSV是影响养猪业的主要病原之一,对PRRSV的防控至关重要。(1)为了了解广西PRRSV流行趋势、基因遗传变异规律,为该病的防控提供理论依据。本研究通过RT-PCR方法对2013-2014年采集的广西地区各地市疑似PRRSV感染的475份样品进行病原检测,阳性率为27.2%,说明广西存在PRRSV流行；对检测为PRRSV阳性的样品在MARC-145细胞上进行病毒的分离鉴定,共分离获得广西PRRSV流行毒株65株。通过RT-PCR方法扩增、测序31株流行毒株的NSP2基因的高变区和58株流行毒株ORF5基因序列。31株PRRSV NSP2基因高变区序列核苷酸同源性为73.4-100%,推导编码的氨基酸同源性为83.1～100%,与NCBI部分参考毒株的相应核苷酸序列同源性为41.4～99.5%,推导编码氨基酸同源性为28.4-99.2%,NSP2普遍存在1+29个氨基酸缺失,缺失位置与高致病性毒株JXA1一致,GXYL1403d毒株的NSP2存在124个氨基酸缺失；NSP2基因高变区核苷酸遗传进化分析表明31株PRRSV均与HP-PRRSV分布于同一分支上,表明31株PRRSV均为HP-PRRSV。58株流行毒株ORF5基因核苷酸之间同源性为86.4～100%,推导编码的氨基酸同源性为84.5～100%,与NCBI部分参考毒株的相应核苷酸序列同源性为62.9～100%,推导编码氨基酸同源性为56.6～100%,ORF5基因核苷酸遗传进化分析表明58株PRRSV中,GXYL1403a和GXLB1403这两株毒株与经典毒株VR-2332分布于同一分支,GXGG1305a、GXGG1305b、GXGG1306与中间型毒株Em2007、HB-1/2(sh)-2002等分布于同一分支,其他的53株与HP-PRRSV分布于同一分支。序列分析和遗传进化分析结果说明了广西流行多为高致病性PRRSV亚型毒株,但是经典型和中间过渡型毒株仍有少量流行。(2)对NSP2和GP5序列分析有特征性的4个毒株(GXYL1403d、 GXGG 1305a、GXGG1305b和GXGG 1306)进行全基因测定、序列比较和遗传进化。结果表明,GXGG1305a、GXGG1305、GXGG1306这3株病毒全基因为15300 nt, GXYL1403d为15018 nt,4株病毒全基因组核苷酸同源性为96.3～99.6%,与参考序列的同源性为60.7～98.1%。NSP2基因氨基酸序列比对结果表明GXYL1403d分别在481和511～635位缺失1个和123个氨基酸,这个位置的缺失是从未报道过的；GXGG1305a、GXGG1305b、 GXGG1306缺失1+29个氨基酸,缺失位置与高致病性毒株JXA1一致。变异最大的GP5和GP3氨基酸比对结果表明,GXGG1305a、GXGG1305b、 GXGG1306这三株病毒与JXA1相比,存在多个氨基酸位点的突变。基于全长序列进行遗传进化分析发现GXYL1403d分布于HP-PRRSV分支,GXGG1305a、GXGG1305b、GXGG1306分布于中间型。以上这些结果说明了中间型毒株与JXA1和CH-1a相比存在多处氨基酸位点突变。(3)为研究分离的PRRSV毒株对高免血清的易感性、GP5氨基酸变异与中和抗体滴度差异相关性。本研究用抗JXM100毒株的免疫血清对2013-2014年广西30株PRRSV分离株和1株疫苗株进行中和抗体滴度差异性试验。结果表明2013-2014年广西的PRRSV流行株的中和抗体滴度高低不一,31株PRRSVs根据中和抗体滴度差异分为3个型,即敏感型(1：16≤VN titers<1:64之间)、中等抵抗型(1:16<VN titers≤1:8)和完全抵抗型(VN titers<1:8)。通过分析GP5氨基酸序列与中和抗体滴度差异性结果表明：GP5氨基酸同源性的高低与中和抗体滴度高低不存在直接的相关性。进一步比较GP5序列发现,敏感型、中等抵抗型毒株和完全抵抗型毒株的32-34aa变异较大；而在57-59aa位点,完全抵抗型毒株的GXLB1403、GXYL1403a出现Ω58→N58的变异。另外,GXLB1403、GXYL1403a存在S137→A137和R151→T151的变异。中和抗体表位B的分析也发现完全抵抗型毒株GXLB1403、GXYL1403a表位B出现了I39→L39变异。这些位点的变化,可能是导致不同毒株对中和抗体滴度差异根本原因。