本文通过实验测定了浒苔(Ulva prolifera)、孔石莼(Ulva pertusa)、格氏礁膜(Monostroma grevillei)三种石莼目绿藻的核糖体RNA基因非编码区内转录间隔区(ITS)和编码区18S rDNA的序列全长。测序后的产物用Clustal X程序进行分析,然后用Bio Edit整理拼接序列。并将这三种绿藻的ITS和18S rDNA序列与从GenBank中所获得的全球范围内其它16种绿藻的序列进行了比对。利用MEGA3.1软件中的Kimura双参数模型计算碱基的组成、种间的遗传距离和序列的比值差异。再运用MEGA3.1软件中的邻接法(neigbor-joining method)计算不同物种间的关系获得系统进化树,并通过Bootstrap作置信检测,Bootstrap为1000次。分析了19种绿藻之间系统发育的亲缘关系。尽管孔石莼(U. pertusa)的叶状体宽厚、有很多孔,并且在形态学与浒苔(U. prolifera)差异很大,但是从18S rDNA系统进化树上看,孔石莼和浒苔是在一个分支中。虽然ITS系统进化树中,孔石莼和浒苔不在一个分支中,但是它们都在一个大簇中。不论是ITS系统进化树还是18S rDNA系统进化树,都可以明显的看出石莼科(Ulvaceae)是由盾绿藻属(Chloropelta)、浒苔属(Enteromorpha)、石莼属(Ulva)和类石莼属(Ulvaria)。这个结果与Hayden和Waaland的研究结果完全一致[78]。本研究从而也证明了,不同的地域得出来的石莼科组成的结论是一样的。