红树林放线菌多样性及其新型糖苷类化合物合成潜力的发掘

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红树林分布于热带亚热带潮间带,因其环境具有独特的强酸性、高盐、高营养等特征,产生了丰富多样的放线菌资源,红树林放线菌具有复杂独特的代谢途径,具备产生新型次级代谢产物的潜能。糖基转移酶是次级代谢产物合成途径中重要的后修饰酶,筛选、克隆和获取新型糖基转移酶基因片段,对于活性次级代谢产物的研究及其结构改造和修饰具有重要意义。本文首先验证了微波法提取红树林放线菌基因组DNA的有效性。采用60s、90s、120s三种不同时间的微波法、溶菌酶法对所选5株红树林放线菌菌株进行基因组DNA的提取,测定不同提取方法所得的DNA浓度及纯度,对所提基因组DNA的16S rDNA片段进行克隆及测序分析。结果表明,三组不同时间的微波法与酶法对每个实验株所得序列同源性均为99.7%以上,说明微波法与酶法提取放线菌基因组DNA的效果相同,微波60s、90s、120s处理在实验株放线菌基因组DNA的提取过程中不会造成DNA的损伤,微波60s处理即可可用于后续快速大量提取红树林放线菌基因组DNA。采用两种分离培养基(高氏一号培养基、ISP2培养基),从广东红树林九个样品中分离到放线菌,根据形态特征和培养特征可将其归为10个放线菌类群:白孢类群、黄色类群、粉红孢类群、青色类群、烬灰类群、绿色类群、蓝色类群、灰红紫类群、灰褐类群、金色类群。表观排重后共计有136株红树林放线菌,经RFLP酶切分型,产生66个不同带型,每个带型选取两个代表菌株进行16SrDNA序列测定,将所的序列进行blastn比对并建N-J系统发育树进行分析,结果表明,共分离得到不同种属的放线菌54株,50株分布于链霉菌属(Streptomyce),2株分布于原小单胞菌属(Promicromonospora),1株分布于糖多孢菌属(Saccharopolyspora)、1株分布于诺卡氏菌属(Nocardia)。54株放线菌中有12株菌与已知模式菌株的最大序列同源性为98.1%,其具体的分类学位置还需要结合其他生化指标和化学鉴定指标才能确定;菌株OAct18与模式菌株最大序列同源性为97.3%,可以基本确定为链霉菌属的一个新种。对筛选出的54株红树林放线菌进行糖基转移酶基因、PKS-I基因、NRPS基因的筛选与测定,共筛选出7株糖基转移酶基因阳性菌株,该7株菌均含有NRPS基因,其中5株含有PKS-I基因;功能基因同源比对结果表明这7株红树林放线菌菌株具有合成新型糖苷类活性化合物的潜力,可用于后续新型糖基转移酶(基因)研究和糖基化合物组合生物合成研究。
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