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小单孢菌是放线菌中产生物活性物质仅次于链霉菌的一个类群；植物内生放线菌由于其独特的内生环境,存在特殊的生物学特性；红树林位于海岸潮间带,受海水周期性浸淹,是一个有别于陆地和海洋的特殊生境,微生物资源丰富且独特。为研究红树林植物内生小单孢菌的多样性及产活性情况,从北海、海口、文昌和湛江4个地区的红树林采集14个树种共82份根样,进行小单孢菌的分离和活性测定等分析。经表面消毒、破碎和预培养,将样品悬浮液涂布于7种选择性培养基,室温培养30天,纯化得到380株放线菌。4个采样地点中,从三亚的样品分离得到的菌株最多(267株);14个树种中,从白骨壤和无瓣海桑中分离得到的菌株最多(158、112)。7种分离培养基中,SIM培养基分离到的菌株最多(283株)。通过形态和培养特征,归类疑似小单孢菌365株,非小单孢菌15株。选取300株菌发酵,对发酵液进行活性检测,显示3株抗Staphyloccocus aureus (ATCC45923),4株抗Canidia Albicans (ATCC10231),4株菌抗Fusarium oxysporum f.sp.cubense;用次生代谢基因特异性引物对127株菌进行PCR检测,105株(82%)显示PKS Ⅰ基因阳性,98株(77%)显示PKS Ⅱ基因阳性,103株(81%)显示NRPS基因阳性。选择117株疑似小单孢菌和15株疑似链孢囊菌进行16S rRNA的基因序列分析,结果显示菌株分布于4个亚目、4个科、5个属：118株小单孢菌(至少代表16个物种),5株小双孢菌,4株假诺卡氏菌,4株链霉菌,2株. Actinomycetospora。对其中2个疑似新物种的内生菌株进行了包括形态和培养特征、生理生化特征、细胞化学组分分析、基因组]DNA G+C mol%、DNA同源性和基于16S rRNA基因及gyrB基因序列系统发育分析等在内的多相分类鉴定,确定了其分类地位。菌株274745分离自三亚红树林无瓣海桑根,菌株268506分离自文昌红树林白骨壤根,基于多相分类鉴定结果显示出与参照模式菌株的差异,表明其是小单孢菌属的新种,被命名为海桑小单孢菌(Micromonospora sonneratiae sp. nov.)、白骨壤小单孢菌(Micromonospora avicenniae sp. nov.)。对分离自红树林土壤的菌株2806702、270106和260305进行多相分类鉴定,确定为新的物种,被分别命名为卵形孢小单孢菌(Micromonospora ovataspora sp. nov.)、老鼠簕根际土小单孢菌(Micromonospora acanthiterrae sp. nov.)和红树林皱纹单孢菌(Rugosimonospora mangrovi sp. nov.)。对菌株Polymorphospora rubra TT97-42T进行重新分类。系统发育分析、细胞化学和微观形态学特征表明其与小单孢菌属一致,所以建议取消olymorphospora属,并入小单孢菌属,学名为Micromonospora rubra comb. nov.。以上研究结果表明,红树植物根组织内生小单孢菌多样性丰富,有产次生代谢物的潜力,且存在新的分类单元。