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背景：丙型肝炎病毒(Hepatitis C virus, HCV)可引起人类丙型病毒性肝炎,约20%急性感染者可自发清除HCV,其余发展为慢性持续感染,继而发展成肝纤维化、肝硬化甚至肝细胞癌。因此,宿主免疫系统遗传因素在HCV感染后的清除或持续感染中可能起到的作用一直是研究热点之一。人类白细胞抗原(human leucocyte antigen, HLA)和杀伤细胞免疫球蛋白样受体(killer cell immunoglobulin-like receptor, KIR)基因系统作为宿主免疫系统的重要组成部分,在机体免疫应答中发挥关键作用。HLA基因决定了免疫应答中所呈递病毒表位的种类和有效性,决定了对特定病毒的有效应答。它与在抗病毒感染的第一道防线中起到重要作用的KIR基因发挥独立或协同作用,在多个水平上调节着疾病的进程,在病毒感染的过程中显示显著的临床相关效应。此外,CD6在T细胞的活化和增殖过程中起着重要作用,其基因多态性可间接影响T细胞的作用,导致病毒感染的不同进程。因此,本研究旨在分析HLA/KIR基因及其特异组合,以及CD6基因多态性与HCV的慢性感染的相关性,为丙型肝炎的防治提供一定的基础数据。方法：本研究包括两部分。第一部分研究宿主HLA/KIR基因多态性与HCV慢性感染的相关性：以云南地区汉族HCV慢性感染者301名、正常健康对照239名为研究对象。采用深度测序(next generation sequencing, NGS)技术进行HLA-A,-B,-C等位基因高分辨分型；采用序列特异性引物聚合酶链反应(PCR-sequence specific primer, PCR-SSP)技术进行KIR基因分型。采用Pypop软件计算HLA基因的频率,构建HLA A-B, A-C, C-B, A-C-B单倍型；对每一个基因座位进行Hardy-Weinberg平衡和Ewens-Watterson中性检验。比较病例组和对照组中HLA基因型和单倍型、KIR基因型和单倍型以及HLA-KIR基因及其特异组合分布特征的异同,研究HLA/KIR基因系统与HCV慢性感染的相关性。第二部分研究CD6基因单核苷酸多态性与HCV慢性感染的相关性：以云南地区汉族HCV慢性感染者434名、健康对照444名为研究对象,采用TaqMan探针基因分型方法对CD6基因3个SNPs (rsl7824933、rs12360861、rs11230563)进行基因分型,构建单倍型,比较等位基因、基因型及单倍型频率在病例组和对照组中的差异,评估CD6基因与HCV慢性感染的相关性。结果：(1)云南汉族人群中HCV慢性感染者中共检出HLA-A等位基因31种,HLA-B等位基因47种,HLA-C等位基因33种；正常健康人群中共检出HLA-A等位基因27种,HLA-B等位基因54种,HLA-C等位基因31种。(2)研究发现HLA-B*13:01(P<0.001)和HLA-C*08:04(P=0.001)在病例组中的频率低于对照组,差异有统计学意义。(3)HLA单倍型A*11:01-B*15:01(P=0.001)、 A*24:02-B*13:01(P=0.001)、A*11:01-C*08:01(P=0.001)、A*24:02-C*04:01 (P<0.001)、B*13:01-C*03:04(P=0.001)频率在病例组和对照组中有显著差异。(4)在HCV慢性感染者中发现42种KIR基因型,在健康对照组中发现34种KIR基因型。其中,KIR2DL2在HCV慢性感染者中(f=0.243,KLF=0.130)的频率高于健康对照组(f=0.163,KLF=0.085) (P=0.024),其余基因型的分布无统计学差异(P>0.05)。(5)活化性KIR+HLA受配体对2DSI+HLA-C2在病例组中的频率低于健康对照组(P=0.028)。(6)CD6基因SNPs-17824933、rs12360861和rs11230563基因型频率和等位基因频率在病例组和正常对照组中的差异无统计学意义(P>0.05),SNP-rs17824933、rs12360861和rs11230563构建的单倍型频率在病例组和对照组中的差异也无统计学意义(P>0.05)。结论：(1)HLA-B*13:01和HLA-C*08:04可能是云南汉族人群HCV慢性感染的保护性等位基因,单倍型HLA A*11:01-C*08:01可能是云南汉族人群HCV慢性感染的易感单倍型,A*11:01-B*15:01、A*24:02-B*13:01、A*24:02-C*04:01、 B*13:01-C*03:04可能是云南汉族人群HCV慢性感染的保护性单倍型。(2)KIR基因多态性与慢性丙型肝炎的易感性有关,其中2DL2可能是HCV慢性感染的易感基因。(3)活化性KJR+HLA受配体对2DS1+HLA-C2可能是云南汉族人群HCV慢性感染的保护性因素。(4)本研究中未观察到CD6基因SNP位点在HCV慢性感染组和健康对照组中的显著差异,CD6基因SNP-rs17824933、rs12360861和rs11230563可能不是云南汉族人群HCV慢性感染的易感或保护性因素。