公司章程的纠纷在现实生活中非常常见。万宝之争、爱使公司章程、常州百货大楼股份有限公司的三个案例,争议的焦点就在于公司章程中的一些限制性条款是否有效,这是现实生活中亟待解决的问题。阿里巴巴公司章程中“合伙人”制度是否符合公司法规定。武汉锅炉股份有限公司修改公司章程案例就是有关公司章程修改程序的争议的典型案例。通过立法分析、商事实践分析、司法实践分析来了解我国公司章程自治的现状。同时对公司章程理论进行考察,来找到大陆法系与英美法系在公司章程立法和实践的相同点与不同点,从而了解域外公司章程的现状。最后,研究我国公司章程自治性的主要存在的几个法律问题:公司章程的法律规定过于原则化。公司有章不依,公司章程效力低,可操作性不强;束之高阁的公司章程带来弊端。公司章程驱鲨剂条款的效力无法认定,有关设计治理结构条款的效力认定不明确;公司章程设立和修改程序混乱。通过对我国现存问题的分析来找解决对策,针对我国现存制度的缺陷来解决我国目前的现实问题以及完善公司法中有关于公司章程的法律制度。细化相关的法律规定:公司章程借鉴二元制度、社会团体的监督、进一步加强对股东滥用权利损害公司利益行为的监管、进一步加强对公司董监高行使职权的限制。使公司章程更具有操作性,重点培养公司章程制定者的自治意思。细化认定公司章程限制性条款效力的标准:符合股权平等原则,采用越权条款相对原则;保护债权人的合法权益;符合公司的基本属性和公司法基本原理。明确公司章程有关治理结构条款的效力,完善公司的治理结构结构;在认定对股东出资期限和现金出资比例限制条款的效力时要坚持保护债权人和合理运用法人人格否认制度。完善公司章程设立和修改程序,使得公司章程修改后的条款的效力认定更加明确。通过对我国公司章程自治的现状分析,以及主要存在的法律问题分析,从而找出完善措施,找到公司章程自治与法律规制的边界,使得公司章程真正起到公司宪法的作用。