本研究以南海海域四种常见笛鲷，即 约氏笛鲷（Lutjanus johni）、千年笛鲷（Lutjanus sebae）、金带笛鲷（Lutjanus fulvus）、星点笛鲷（Lutjanus stellatus）为研究对象，采用两种核酸分子标记方法，rDNA-ITS1测序分析和Cytb-PCR-SSCP进行分子标记和遗传多样性的研究。所得结果如下： （1）采用PCR-DNA测序技术对四种笛鲷rDNA-ITS1序列进行分析。测得序列长度分别为：L.fulvus, 809bp; L.johni, 752bp; L.sebae, 693bp; L.stellatus, 775bp。在进行序列比对后发现种内序列差异性很小，而种间序列差异性较大，这与现有的对其他物种的研究结果是类似的。种间序列差异性显著，表明笛鲷rDNA-ITS1基因间隔区具有很高的突变率，系统发育关系复杂。同时，也说明这一基因间隔区可以作为一个精细的分子指标用于属内种间的分子鉴定和系统学分析。 （2）采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对四种笛鲷的Cytb部分基因片段进行 PCR-SSCP分析，Cytb基因片段扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。大小均在380bp左右，而扩增产物变性后的聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱显示了种内不同个体间的单链构象变化，从而说明了种内存在不同的基因型。结果如下：星点笛鲷有4种基因型，千年笛鲷有5种基因型，约氏笛鲷有2种基因型，金带笛鲷有4种基因型。由于SSCP可能会造成漏检，因此，从图谱的结果来看，不能说就只有这几种基因型。但是SSCP的检测片段在400bp以内检测灵敏度有80％以上，所以，该结果能够反映Cytb基因的变异情况。由于每个种检测20个个体，因而就基因型所占的百分比来说，千年笛鲷的遗传多样性最丰富，其次是金带笛鲷和星点笛鲷，约氏笛鲷的遗传多样性在四个种中是最少的。