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从广州市某发生水华的人工湖底泥中筛选出1株能够降解低浓度微囊藻毒素-LR（MC-LR）的菌种JM13，经鉴定为恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida)。从外加碳源、氮源、重金属、微生物菌龄、降解时间等方面，探讨了该菌株对MC-LR的降解特性，在此基础上，研究了降解过程中菌体细胞形貌的变化,以及菌体细胞表面疏水性和细胞膜通透性的改变，以期为含MC微污染水源水的微生物修复提供一定的科学依据。P.putida对0.5mg·L-1MC-LR10d的降解率达到52.6%。最优降解条件为：pH7，投菌量1g·L-1，温度30℃，最佳菌龄为36h，最佳外加碳源为淀粉，氮源为乙酸铵。P.putida对Cu2+有较好的耐受性，低浓度Cu2+对菌体降解MC-LR有促进作用，而高浓度Cu2+会抑制MC-LR的降解。考察了Fenton试剂的加入对P.putida去除MC-LR的影响，单独使用Fenton试剂处理MC-LR的最优条件为：H2O2初始浓度为1mmol·L-1，H2O2/Fe2+浓度比为10□1，反应体系pH值为4，MC-LR初始浓度为0.25mg·L-1，反应时间60min。通过P.putida的降解作用后，再利用Fenton试剂对其进行深度处理，MC-LR的残余量达到检出限以下。通过对菌体微观形貌的观察，发现降解体系中加入淀粉后，菌体周围出现并聚集了似多糖类物质的丝网状物，Cu2+的加入，导致菌体细胞表面出现颗粒状物质，但较对照体系，菌体表面更加光滑，菌体呈现更为饱满的状态。加入0.5mg·L-1MC-LR，3天后细胞部分凹陷，有絮状物质外泄。MC-LR的存在能够促进P.putida细胞中阴离子的释放，且各阴离子浓度与MC-LR的降解率在不同水平上显著正相关。P.putida细胞表面疏水性（CSH）的测定结果显示，在其CSH最大的情况下，随着时间的延长，菌体CSH逐渐下降，菌体表现出亲水性，在一定程度上增加了P.putida接触水溶性MC-LR的机会，进而影响P.putida对MC-LR的降解。细胞膜通透性实验结果表明，P.putida对MC-LR的降解能力同细胞膜通透性的大小有一定关联。