党的十八大以来,中央提出了对“公共资金、国有资产、国有资源和领导干部履行经济责任情况实行审计全覆盖”,政府投资建设项目作为其内涵和外延也面临解决审计监督全覆盖问题。本文从审计工作实践出发,以南京市政府投资建设项目审计为例,分析了当前新形势下政府投资建设项目审计遇到的突出矛盾和实务困境,明确了信息技术的运用已成为解决这一问题的重要创新手段。本文以此为切入点,对地市一级政府投资项目审计系统的详细需求进行了分析,结合工程项目造价异构数据的标准化,最终构建了多层次、多流程、多人员、可扩展的系统架构和模块,并以此为基础进行了系统设计,通过三个实例初步展示了系统功能的实现。该系统的使用提高了政府投资审计的效率和质量,控制了过程中可能存在的廉政风险,为在公共事务领域如何更好地发挥审计监督力量,推进国家良性治理做了有益的思考,体现了政府投资建设项目审计领域的最新成果。