20世纪以来，人类以前所未有的规模和速度影响着和改变着森林生态系统。由于人类不断砍伐林木、开垦林地、采集薪材、过度放牧以及空气污染致使全球森林面积急剧减少，森林生态系统严重退化。森林生态系统遭受破坏已经成为全球最严重的生态环境问题之一。因此，森林生态系统的健康状况受到全人类的关注，森林生态系统健康评价迅速成为诊断由于人类活动或自然因素引起的森林生态系统结构紊乱和功能的一种常用而有效的评价方法。虽然有关森林生态系统健康评价的研究方兴未艾，但森林生态系统健康评价仍然是个崭新的研究领域，学术界对其概念、评价理论和方法尚未达成一致的意见，许多方面都处于探索阶段。本文在前人研究的基础上，围绕“森林生态系统健康评价”的主题进行了相关理论、方法和实践的探讨。首先，采用自然—社会—经济相结合的指标体系评价法构建保护区森林生态系统健康评价指标体系，该指标体系共分4个层次，从自然、社会、经济要素出发共选取22个指标。其次，构建了森林生态系统健康评价标准。再次，运用层次分析、多层次综合评判理论，以广东古兜山自然保护区为例，对保护区森林生态系统的健康状况进行分析和评价。研究结果表明：(1)由于制定标准时主要参考鼎湖山自然保护区和石门台自然保护区的现状值进行制定，构建的森林生态系统健康评价标准比较适用于亚热带常绿阔叶林森林生态系统健康评价标准。(2)广东古兜山自然保护区森林生态系统总体健康的等级2.619，介于Ⅱ和Ⅲ级水平，稍偏向于Ⅲ级，处于从健康状态向亚健康状态方向发展。自然要素的健康状况最好，健康等级为2.38，稍偏向于Ⅱ级，自然生态环境受人为破坏较少。社会要素的健康状况次之，健康等级为2.79，较偏向于Ⅲ级，人类对保护区森林生态系统有一定的干扰和破坏。经济要素的健康状况最差，健康等级为3，完全处于亚健康状态。森林生态系统因素层的健康等级变化幅度较大，变化幅度达两个等级，其中人口发展状况的健康状况最好，而城市发展状况最差。(3)针对评价结果，本文提出增加生物多样性，重点保护珍稀动植物；建立保护区森林生态系统监测系统；发展保护区森林旅游业，实现保护区经济可持续发展；进行林相改造，提高常绿阔叶林的面积比例和蓄积量；开展科学研究；提高生态公益林的质量等措施。