知识经济时代,科学技术已经成为推动社会发展的不竭动力。随着国家对高校科研投入的不断增加,高校科研产出情况逐渐受到社会关注。教育部直属高校作为我国科研创新的主力军,其产出的优劣直接影响着我国科研创新水平的高低。尤其是在“双一流”建设背景下,研究部属高校的科研投入产出效率有利于解决科研资源使用过程中存在的问题,实现科研资源的合理有效配置,对于增强部属高校的科研创新能力,提高科研投入产出效率都具有重要意义。本研究在充分学习借鉴前人研究的基础上,对相关概念理论进行论述,构建了较为科学合理的评价指标体系,运用DEA分析法从静态角度对2017年教育部直属高校的科研投入产出效率进行分析,结果发现,有将近一半的高校没有达到DEA有效,仍然存在较大的进步空间。运用Malmquist指数法从动态角度分析2013-2017年教育部直属高校科研投入产出效率的变化情况发现,全要素生产率总体呈现起伏变化趋势;进一步分析各高校变化的原因发现,技术效率增长是全要素生产率增长的重要原因,技术进步效率下降是全要素生产率下降的重要原因。运用Tobit模型对高校科研投入产出效率的影响因素进行分析发现,科研创新和对外交流的增加会带来科研投入产出效率的提高,人力和财力的增加并不会提高科研投入产出效率。最后根据研究结果提出相关建议,一是要重视高校科研管理,提升整体科研水平;二是要优化人才层次结构,外引和内育相结合;三是要完善经费管理机制,注重科研效率考核;四是要健全创新激励体系,增强科研创新能力;五是要加强对外交流合作,提升国际化水平。