论文部分内容阅读
牛支原体是能够导致牛肺炎、关节炎、流产、乳腺炎等多种疾病的一种病原体。给养牛业造成了巨大的经济损失,严重影响了养牛业的健康发展。由于王艳杰测序的M. bovis NM 2012菌株的全基因组序列存在序列缺口和多余的重复序列,为了得到M.bovis NM 2012基因组完整序列,本试验对王艳杰测序的M.bovis NM 2012进行基因组补缺口(补洞)工作。本试验选择M.bovis HB0801为参考基因序列,经过将王艳杰测序的M.bovis NM 2012与M.bovis HB0801比对后发现,共有34处未完成的基因序列,在未完成的序列两端各增加200～1,000bp设计引物,进行PCR扩增和克隆测序,并利用生物信息学软件进行拼接,从而完成M.bovisNM 2012菌株的全基因组补缺口(补洞)工作,并应用生物信息学软件对M.bovisNM 2012菌株的ORFs、脂蛋白、IS元件等进行预测,并对相关的基因进行功能注释。比对结果显示,在34处未完成的基因序列中,有21处由字母N代替,字母N的长度是在10～2,359bp之间,字母N的总长度为13,131bp；34处未完成的序列中,有23处是缺口序列,总共缺失的序列是24,763bp,11处多余重复的序列长度为14,765bp。克隆测序结果表明,在23处缺口序列中,总共缺失的序列是20,222bp；11处多余重复序列的总长度为14,765bp,实际有10,226bp为无效的重复序列,4,539bp确为M.bovis NM 2012本身的序列；本试验中,去除由未知序列N代替的13,131bp和无效的重复序列10,226bp,补齐缺失的序列20,222bp。将王艳杰测序的全基因组大小为993,483bp的M.bovis NM 2012,经过补缺口工作,最终拼接得到M. bovis NM 2012全基因组大小为990,348bp。M.bovis NM 2012菌株全基因组大小为990,348bp, GC%含量为29.29%;与M.bovis HB0801进行比对后,预测编码区含839个ORFs,含有34个tRNA,6个rRNA,预测含有103个脂蛋白和2个Vsp。通过对5株牛支原体全基因组进行基因组共线性分析比较,M. bovis NM 2012基因组与M.bovis PG45基因组的相似性最小,与M.bovis HB0801基因组的相似性最高。