大白菜(Brassica rapa ssp. Pekinensis)原产我国,是我国重要的蔬菜作物之一,在我国以及日本,韩国等亚洲国家都有广泛栽培。大白菜在我国的栽培存在明显的地理分布的连续性,不同栽培品种存在着非常复杂的形态学特征,生长发育习性和生态类型差异。这些差异不仅给种质资源的收集整理带来了困难,而且使大白菜不同品种之间的遗传关系确定更加复杂。本研究收集了126份来源85个不同品种,表型丰富的大白菜DH系,通过结构分析和聚类分析,采用SSR和SRAP标记探讨了该套大白菜固定系的分子水平多态性,地理分布和表型特征之间的关系,并且探讨影响聚类分析和结构分析的不同因素。以其中的材料构建作图群体,在原有的AFLP图谱的基础上,将SSR标记定位到图谱上,进一步了解SSR标记在图谱上的分布,作为结构分析的依据。获得的主要结论如下:1.通过结构分析和ME聚类树分析两种方法,将126份来源于市场上大白菜F1商品品种的DH系分为六个组,分别与球型和熟性相一致,并且反映了大白菜主要类型的地理分布特征,6个基因池分别代表了河北省的直筒型,内陆地区秋播叠抱型,山东青岛一带的合抱卵圆型,早熟耐热型,以贵州为代表的晚熟极晚熟类型,山东胶州和东北为代表早中熟强冬性春白菜。2.结构分析在聚类树分析的基础上更能体现出个体间存在的血统关系,在体现遗传背景方面具有基于遗传距离的聚类树分析没有的优点,能够更好的澄清个体间的遗传关系。3.SSR和SRAP标记有效的检测了入选的31份核心DH系遗传多样性,可以采用混合标记数据构建核心系的聚类图,聚类图和遗传距离以及多样性水平等方面都反映出所挑选的核心材料保持了126份大群体广泛的变异。4.统计分析表明多态性位点数目对聚类树的建立影响很大,29个多态性位点就可以将31份核心DH系区分开,要建立该31份核心材料的稳定的聚类树,最适位点数为247至257。5.与聚类树的建立不同,群体结构的表现受到样品数目的影响,只需要少数不连锁的标记就可以得到准确的群体结构,利用遗传距离较大的两个DH系H32和H30建立的DH作图群体和遗传图谱,确定了SSR标记的位置,对用于结构分析的标记进行了验证。总之,聚类树的稳定性由标记数目决定并可以计算个体间的遗传距离;结构分析受到样品数目的影响,需要已知的标记连锁关系为依据,能更好体现个体间的遗传背景。两者各具优势,能够提供互补信息,结合两种分析方法可以综合全面的分析群体的遗传关系,为种质资源信息收集,育种亲本选择等方面提供依据。