目前有关效率的绿色评价体系多针对港口和区域，对于整个海运过程中包含环境因素在内的综合效率问题缺乏研究，文章旨在以集装箱航线运输作为研究对象，探索建立可量化的综合反映运营效率的评价体系，并结合实例说明体系运行过程。本文评价方法基于数据包络分析法（DEA法），由于DEA模型本身限制了输入变量、输出变量的数量，对此本文结合案例利用下述方法加以解决。首先，对体系中可能涉及到的指标进行初步分析；然后，利用德尔菲法筛选出相对重要的15个指标，作为基础指标；之后，利用熵权法原理根据案例具体数值计算基础指标的客观权重；最后，依此权重由基础指标值加权平均得出输入、输出变量值，代入DEA模型进行分析。文章以8个集装箱航线运营实例进行试算，其结果区分度明显，证明所建立评价体系具有一定的可操作性和有效性。文章主要有两个方面的创新，一是研究对象的创新，即采用整个海运过程作为研究对象，一定程度上填补了目前研究的缺失；二是DEA模型和熵权法的结合，不仅解决了DEA模型对输入、输出变量数量限制的问题，而且使用通过熵权法得出的指标客观权重，避免了过多的主管因素对体系带来的影响。