本研究首次利用AFLP分子标记技术，利用筛选出来的高效多态引物对来自美国、日本和国内不同疫区的132个松材线虫和7个拟松材线虫样品的种间及种内的遗传多样性进行研究分析，从整个基因组DNA分子水平上揭示了松材线虫不同地理种群的遗传多样性变化。利用10对引物在139个实验种群中共扩增出1818个位点，其中多态位点1811个，多态性为99.61％。并对其从SM成对相似系数、基因多样度(h)、聚类分析，以及遗传结构分析(F-statistics检测及AMOVA)等多样性指数进行了分析。SM成对相似系数、基因多样度(h)及遗传结构分析结果都表明，松材线虫和拟松材线虫之间差异显著，而松材线虫种群或亚群间遗传多样性也存在较大差异。在松材线虫中我国种群与日本种群间的差异少于我国种群和美国种群间的差异。结果显示出松材线虫入侵后，种群的遗传多样性明显低于原产地种群，表明瓶颈效应和奠基者效应在生物入侵过程中的作用。对国内不同亚群的分析结果表明，广东亚群遗传变异最大，与其它亚群间的遗传分化较少或没有分化。从聚类分析结果看到，松材线虫和拟松材线虫分别聚为两支。在松材线虫中日本种群样品与国内种群样品聚在一起，美国种群自成一支，位于基部，表明美国种群是原始类群。在聚类图中我国松材线虫分别聚成了四小支，广东样品基本位于每小支的基部。并通过聚类分析，对我国松材线虫的入侵来源和扩散的途径进行了推测和初步的探讨。 　　根据研究分析结果我们得出下列结论： 　　第一，AFLP分子标记检测松材线虫种内遗传多样性是一种非常有效的方法。 　　第二，我国松材线虫与日本松材线虫亲缘关系近，我国松材线虫可能来源于日本。 　　第三，松材线虫种内遗传多样性随着从原产地入侵到新的生境后种群的遗传多样性在逐步减少。 　　第四，松材线虫最先可能由日本入侵到我国的广东地区，然后由广东向我国浙江、安徽、江苏等其它地区扩散蔓延。而且其入侵是一个多次的入侵过程。国内松材线虫的扩散主要可能有5条途径。 　　第五，松材线虫入侵到我国后，主要是国内松材线虫在地区之间的传播，而且有的出现了在地区间的交互扩散现象。所以要控制松材线虫病，除了检疫部门严把对外检疫之关外，还应该大力加强国内的检疫工作，这是控制松材线虫在国内传播和扩散的非常重要的措施。