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目的：了解肠道病毒71型手足口病合并脑干脑炎患儿的远期认知功能改变、神经症状及头颅MRI恢复情况。探讨EV71型手足口病合并脑干脑炎患儿遗留后遗症类型，及不同严重程度EV71型脑干脑炎患儿远期预后的差异。为异常患儿早期进行康复干预提供依据。 方法：对2010年1月~2012年12月深圳市儿童医院收治的确诊EV71型手足口病合并脑干脑炎197例患儿进行病例统计，其中存活177例，死亡20例。于2013年7月~2014年10月期间对该组存活患儿进行随访，失访95例，完成电话问卷调查82例，其中神经系统查体30例，智力测试27例，头颅MRI复查28例。采用SPSS19.0软件对随访数据进行统计分析。 结果： 1.82例电话随访患儿中，遗留后遗症者14例（17％），包括肢体无力5例、性格改变3例、肢体抖动1例、癫痫1例、抽搐1例、睡眠呼吸障碍并吞咽障碍1例、发声低弱并吞咽障碍1例、中枢性低通气并吞咽障碍1例，且临床严重程度越重的患儿遗留后遗症几率越大，差异有统计学意义。 2.发病时气管插管者13例，包括Ⅲa期2例，Ⅲb期11例，其中气管切开者3例。随访时，10例仅气管插管者均可正常呼吸，3例因中枢性低通气及延髓麻痹致气管切开者均遗留后遗症。 3.30例神经系统查体患儿中，肌力为Ⅳ级者4例，余患儿肌力均正常。电话随访中存在肌力减低未接受查体者1例。 4.完成智测患儿27例，父母文化程度越高的患儿全量表智商及言语分数越高，差异有统计学意义；临床严重程度越重、发病年龄越小的患儿全量表智商及言语分数有越低的趋势，但差异无统计学意义。 5.27例智测患儿中，全量表智商分数低于85分以下者8例，其父母文化程度均为低学历，其中全量表智商分数在70~85分者7例(Ⅱ期2例，Ⅲa期2例，Ⅲb期3例)，为边缘智力；余1例患儿的全量表智商分数为69分（Ⅱ期），属于轻度智力低下。 6.头颅MRI复查28例，MRI示未见脑干异常信号22例，脑干见异常信号6例，包括原病灶吸收变小、软化、胶质增生等。6例MRI异常患儿中，遗留后遗症者占83%，接受智测者5例，其中全量表分数处于边缘智力范围占60%。 结论： 1. EV71型手足口病合并脑干脑炎患儿后遗症的主要类型为肢体运动障碍和颅神经功能障碍，严重类型为中枢性低通气和延髓麻痹。 2. EV71型手足口病合并脑干脑炎患儿遗留后遗症几率与急性期临床严重程度成正比。 3.大多数 EV71型手足口病合并脑干脑炎患儿的认知功能预后良好,少数患儿智测属边缘智力或轻度智力低下。 4.远期头颅MRI仍显示脑干病灶者，存在神经系统后遗症或边缘智力几率较大。 5.临床上对EV71型手足口病合并脑干脑炎的危重患儿建立随访制度非常必要，以便及时为异常患儿提供早期康复干预。