蛋白质的多种构象对蛋白质行使特定生物功能有重要意义，而水对于蛋白质构象转化的过程有着举足轻重的作用。目前学术界存在两种争议性的观点，一种认为水在蛋白质构象变化过程中起到“奴役”作用，而另一种观点却认为水起到“润滑”作用。因此明晰水在蛋白质构象转化过程中究竟起到何种作用，对更好地认识蛋白质特定生物功能的实现具有非常重要的理论及现实意义。为此，本文拟利用多轨迹分子动力学模拟方法，系统研究水在蛋白质体系构象变化过程中的作用。通过分析不同时间尺度上水的存在对蛋白质能量面平均粗糙程度的影响，明确水在蛋白质构象变化过程中的“奴役”或“润滑”所用。进一步比较蛋白质能量面各点粗糙程度的变化，结合蛋白质自身能量同蛋白质与水相互作用能量变化的相关性，明晰水的“奴役”和“润滑”作用所占的比重。此外，分析水对不同结构蛋白质构象转化过程的影响，期望最终揭示水在蛋白质构象变化过程中的作用。