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基因组印记(Genomic imprinting)是哺乳动物中来源于亲本的等位基因由于DNA甲基化、组蛋白乙酰化等表观遗传(Epigenetic)的不对称修饰而导致单等位基因表达的现象,即来自双亲的等位基因一方沉默,而特异性地表达另一方,具有这种现象的基因称为印记基因(Imprinted gene)。大部分印记基因成簇存在并在物种间保守。基因组印记与生物进化、性别决定、生长发育以及肿瘤的发生密切相关。 长非编码RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)是一类长度大于200nt能转录但不编码蛋白质且具有特定功能的RNA分子。目前发现在人中lncRNA的数量是编码蛋白基因的两倍以上。LncRNA与编码蛋白的基因一样在生物体的分化、发育、致病等多种生命过程中起作用。位于印记基因成簇内的lncRNA参与调控印记基因的表达。Dlk1-Dio3印记区域由于在胚胎发育、细胞分化过程中的重要作用而备受关注,是目前研究比较充分的印记区域之一。该区域中母源ncRNA基因的异常表达与诱导多功能干细胞(iPSCs)的发育潜能直接相关。 随着转录组测序的进行,一些未知功能的EST序列定位在牛Dlk1-Dio3印记区域,本研究选取其中三组EST序列(第一组为CB457990和CB460301,第二组为AV603291和AV603290,第三组EE898001、AW446868、以及EE898002),首先设计跨EST序列的引物验证每组中的EST序列是否为来源于同一个基因的片段,并根据雨果基因命名委员会(The HUGO Gene Nomenclature Committee,HGNC)的基因命名原则将其命名为LINC24061、LINC24063和LINC24064;进而应用RT-PCR对这三个lncRNA在不同组织中的表达进行了分析;最后应用基于单核苷酸多态(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)的测序方法对LINC24061、LINC24063和LINC24064等位基因特异性的表达进行了鉴定。 结合RACE与RT-PCR技术得到LINC24061基因的两个可变剪切体LINC24061-v1与LINC24061-v2,组织特异性表达研究发现LINC24061-v1在心脏、肾和肌肉3个中表达,而LINC24061-v2在被检测的8个组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脂肪及大脑)中均表达。LINC24063与LINC24064在被检测的8个组织中都有表达。以SNP位点筛选出的杂合子个体为基础,通过RT-PCR技术及直接测序对LINC24061、LINC24063及LINC24064进行等位基因特异性的表达研究结果发现在成年牛8个组织中(心、肝、脾、肺、肾、肌肉、脂肪及大脑),LINC24061、LINC24063及LINC24064都为单等位基因表达,即它们都是长非编码RNA印记基因。以上研究结果将为研究这些lncRNA功能奠定基础。