当前,随着国际经济形势的日趋复杂,新贸易保护主义不断升温,部分发达国家正有针对性地提高对我国的贸易壁垒和技术封锁,导致我国部分产业核心环节技术受阻,自主创新迫在眉睫。在此背景下,面对我国经济增速换挡,传统发展方式对经济增长的拉动作用逐渐减弱等问题,亟需发挥创新驱动引领作用,构建具有全球辐射力的创新高地,培育经济增长新动能。粤港澳大湾区作为我国经济活力最强、产业基础最好、开放程度最高的区域之一,拥有建成国际创新中心的现实基础,但仍存在尖端技术不发达、科技发展领域不平衡、创新生态系统不完善等问题,与建成国际一流创新高地仍有一定差距,基于此,本文开展粤港澳大湾区创新生态系统运行机制及其绩效的研究工作,厘清粤港澳大湾区的创新发展特点和规律,不仅有利于发挥粤港澳大湾区创新发展优势,还可为国内其他地区优化创新生态系统提供借鉴和参考。本文首先回顾创新生态系统的理论演进,并梳理国内外有关创新生态系统内涵、特征、运行机制及其绩效评价的文献,在此基础上,从理论层面分析粤港澳大湾区创新生态系统的构成要素、本质特征及运行机制,进一步构建基于过程和结果两因素的综合评价指标体系,采用超效率DEA模型对粤港澳大湾区创新生态系统进行横向和纵向绩效评价,并总结发达国家和地区优化创新生态系统绩效的做法,提炼可供粤港澳大湾区参考借鉴的经验与启示,最后提出优化粤港澳大湾区创新生态系统绩效的实施路径。研究结果表明:(1)粤港澳大湾区创新生态系统的演化周期可分为构建阶段、成长阶段以及成熟阶段,构建阶段的运行机制主要为动力机制与资源整合机制,成长阶段的运行机制主要为协同机制、复制机制以及评价机制,成熟阶段发挥主导作用的运行机制为稳定机制与平衡调节机制;(2)根据绩效评价总体结果来看,粤港澳大湾区创新生态系统绩效水平较高,在2009-2018年间绩效得分均保持DEA弱有效水平;(3)从横向比较结果来看,粤港澳大湾区投入产出情况优于长三角与京津冀城市群;(4)从纵向比较结果来看,2009-2018年间粤港澳大湾区创新生态系统绩效得分呈下降-上升-下降-上升趋势,其中2018年绩效得分最高。然而,粤港澳大湾区创新生态系统仍存在基础研发投入不足、创新资源利用效率偏低、对外开放水平不高等问题。基于此,笔者借鉴发达国家优化创新生态系统的成功经验,并结合粤港澳大湾区自身发展特点,从打通创新人才流通渠道、完善创新资金保障体系、提高创新资源利用效率及优化创新环境配套建设等角度提出优化粤港澳大湾区创新生态系统的发展思路和实施路径。