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高通量测序技术(High-throughput sequencing)又称第二代测序(Next-generation sequencing,NGS)技术,与传统病毒鉴定方法相比,具有快速、高通量、高灵敏性、非序列依赖性等特点,可以在不了解病毒的基因组信息、血清学特点及生物学特性下快速检测未知病毒,在一定程度上推进了病毒诊断研究领域的发展。本研究基于高通量测序技术对三种常见的观赏性木本植物病毒病进行了分子检测与鉴定,通过透射电镜观察、小RNA深度测序、转录组测序和RT-PCR扩增技术,确定了侵染病毒的基因组全长以及病毒种类。确定侵染京桃的病毒为Tymovirales目新提出的Gratylivirus属中的一种新病毒,命名为京桃黄斑伴随病毒(Prunus yellow spot-associated virus,PYSaV);确定侵染丁香的病毒为Tombusviridae科的一个新病毒,命名为丁香类番茄丛矮病毒(Syringa tombus-like virus,STlV);确定侵染东北连翘的病毒为Betaflexiviridae科Carlavirus属的水蜡A病毒(Ligustrum virus A,LVA)。本研究为发掘新的植物病毒资源和植物病毒病的防治奠定了理论基础。2017年9月,在辽宁沈阳的京桃叶片上发现了一种黄斑驳病症,采集样品进行透射电镜(Transmission Electron Microscope,TEM)观察,发现直径约为30 nm的球型病毒粒子。随后进行的小RNA深度测序证实,这些有症状的叶片中存在病毒。使用小RNA测序结果设计特异性引物,通过RT-PCR扩增得到京桃病毒的全基因组序列。该病毒的全基因组由6,072个碱基组成(MK404133),其中不包括poly(A)尾巴。通过比对衣壳蛋白(Coat protein,CP)基因的氨基酸和核苷酸序列,该病毒与法国报道的Tymovirales目中新提出的“Gratylivirus”属的唯一成员葡萄伴随类芜菁黄花叶病毒(Grapevine-associated tymo-like virus,GaTLV,MH383239)具有41.6%和53.3%的同源性。同时,在基于该病毒全基因组序列构建的系统发育树中与GaTLV在同一分支,表明该病毒是Tymovirales目的一个新病毒,将其命名为“京桃黄斑伴随病毒”(Prunus yellow spot-associated virus,PYSaV)。这是京桃自然感染PYSaV的首次报道。2018年7月,在吉林长春采集到病症表现为斑驳褪绿的丁香叶片,随后进行的转录组测序证实,这些有症状的叶片中存在病毒。使用转录组测序结果设计特异性引物,通过RT-PCR扩增得到丁香病毒的全基因组序列。该病毒的全基因组由5,492个碱基组成,全基因组序列与蜗牛上尚未归类的湖北类番茄丛矮病毒1(Hubei tombus-like virus 1,KX883244)的核苷酸序列同源性最高为49.4%。同时,在基于该病毒全基因组序列构建的系统发育树中与HTlV1在同一分支,表明该病毒是Tombusviridae科的一个新病毒,暂将其命名为“丁香类番茄丛矮病毒”(Syringa tombus-like virus,STlV)。这是丁香自然感染STlV的首次报道。2018年5月,在辽宁沈阳采集到表现为曲叶黄脉症状的东北连翘病叶,随后进行的转录组测序证实,这些有症状的叶片中存在病毒。使用转录组测序结果设计特异性引物,通过RT-PCR扩增得到东北连翘病毒的全基因组序列。该病毒全基因组序列长度为8,542 nt(MN786957),编码Carlavirus属的六种典型蛋白。通过BlastX比对发现,该病毒与水蜡A病毒丁香分离物(Ligustrum virus A,LVA-DX)最为同源,衣壳蛋白(CP)和复制蛋白(ReP)基因的核苷酸和氨基酸的同源性分别为86.8%/95.9%和81.7%/93.1%。由此表明,该病毒为水蜡A病毒的分离物,命名为LVA-DBLQ。这是东北连翘感染LVA的首次报道。