亚麻抗白粉病基因的定位

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亚麻(Linum usitatissmumL.)是亚麻科(Linaceae)亚麻属(Linum)的一年生草本纤维植物。白粉病会危害亚麻的生长,其发病的特点是,亚麻的植株表面会蒙上一层白粉状的菌丝层,病原菌会侵染从地上至植株顶端的各个部分,病情传播较为快速,带来的后果为亚麻提前衰亡,产量降低,经济效益下降等。本实验前期由黑龙江省农业经济科学院杨学通过对田间抗病材料9801-1和感病材料Diane杂交、自交获得的F1和F2代的田间数据分析,证明F1代表现为完全抗病,F2代抗感分离比接近3:1。证明抗病材料9801-1对白粉病抗性是完全显性,是细胞核遗传。本实验是在此基础之上,采用分子标记技术,利用9801-1和Diane杂交自交获得的高代回交群体BC3F6代,进行亚麻抗白粉病基因的定位分析。试验所获得的结果如下:田间定期对亚麻的生长状况进行观察记录,在亚麻白粉病发病期间获得了亚麻白粉病孢子菌。在显微镜下观察到白粉病孢子菌的形态,并且在田间完成了接菌试验。首先我选用SSR、AFLP、ISSR三种分子标记技术对亚麻抗白粉病基因进行定位分析,经过验证分析未找到很明确的与抗病基因紧密连锁的标记。所以在此基础上采取了对这两个亲本材料进行全基因组测序。测序中以Lusitatissimum.m erge.fa作为参考基因组。为了便于分析,将测序序列连成假染色体,构建了2个DNA文库,共得到了18.07G的Clean data。通过比对测序结果,分析得到了存在reads的最长的11条染色体(Scaffold)的分布图。同时对SNP、InDel、SV分布注释情况进行统计分析。依据此数据,在有差异的位点处设计引物,试验共设计了121对In Del标记,其覆盖了11条染色体(Scaffold)。通过对In Del标记的筛选,成功的获得了一个与抗病基因紧密连锁的标记,In Del标记f2x4105,它位于ChrNew02(第2条)染色体上,scaffold145附近,实现了亚麻抗白粉病基因的初步定位。根据现已定位和克隆的部分抗白粉病相关基因,暂将此定位出的这个基因命名为Pm-Linum。为了检验实验中数据的准确性,我用60株高代回交群体检测了与目的基因不连锁的两个标记,结果发现其交换率可达到72%左右,而与目的基因连锁的标记交换率才只有11%。
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