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本文通过核糖体小亚基18S rDNA、核糖体大亚基28S rDNA和部分基因内间隔区（IGS）的序列差异分析及遗传变异的比较，为我国境内常见的经济红藻紫菜和龙须菜的系统发育研究、遗传多样性保护、种质资源调查以及品系培育和品种改良提供分子证据。利用改良的CTAB法提取藻体的DNA模板，对野生和栽培的条斑紫菜（Porphyra yezoensis）、栽培的坛紫菜（Porphyra haitanensis）和栽培龙须菜（Gracilaria lemaneiformis）的18S rDNA序列进行PCR扩增、测序、序列分析。首次获得较完整的条斑紫菜、坛紫菜以及龙须菜的18S rDNA序列，长度分别为2271bp、3186bp和1724bp。序列分析的结果表明，青岛野生和南通养殖的条斑紫菜18S rDNA序列没有差别，而坛紫菜和条斑紫菜的遗传距离为0.054。通过计算可知大部分红藻的18S rDNA序列中GC含量变化不大，在47%至50%之间浮动。运用片段拼接，首次得到了我国境内条斑紫菜、坛紫菜和龙须菜的大部分28SrDNA序列，长度分别为2323bp、1998bp和2808bp。紫菜属和红毛菜属的28S rDNA序列GC含量约为53%，而龙须菜的GC含量则为50.90%。拼接后的序列分析结果表明，青岛野生和南通养殖条斑紫菜28S rDNA序列没有很大差异，而条斑紫菜和坛紫菜的遗传距离较远，为0.096，同源性仅为89.39%。首次设计引物并成功扩增出两个地理群条斑紫菜rDNA基因间隔区（IGS）5’端的部分序列500bp，另外得到连云港条斑紫菜IGS3’末端的部分序列720bp。序列分析结果表明，青岛和连云港条斑紫菜的IGS5’端存在24个变异位点。