秩序维护与人权保障向来是刑事政策制定、实施过程中要考虑和权衡的两个重要的价值,二者之间的平衡是很微妙的,现实中的刑事政策总是会因时、因地、因势而有所倾向。在打击恐怖主义的议题下,人权保护是一个贯穿始终的重点和难题,打击恐怖主义,无疑是对公众安全的保护,但是,如何在有效地防范和打击恐怖主义的同时保障社会民众的自由不因此受到显著的消极影响,则是各国反恐刑事政策中最为纠结和棘手的问题。现代恐怖主义犯罪的特点决定了反恐、防恐必须以预防、监测、发现作为重点,以扩大情报机构权力、弱化令状主义、扩大特别侦查手段的适用为突破点。但是,侦查权扩张带来的一个直接后果将是对公民权利和自由的挤压。安检制度的常态化、侦查权的扩大以及针对某些易感群体的特殊措施,难民问题引发的人权与国家安全之间的冲突等,都引起激烈的争议。此外,反恐中的人权保护也包括对作为犯罪嫌疑人和被告人的恐怖分子的人权保障。