知识经济时代,科学技术是推动社会发展的动力。近年来,随着高校科技投入的不断增加,高校科技产出情况逐渐受到社会关注。其中教育部直属高校作为科技创新的主力军,其科技产出的高低直接影响着我国科技水平。陕西省作为我国拥有五所教育部直属高校的科教大省,科技教育资源较为雄厚。但是在对陕西省教育部直属高校的科技投入与产出绩效评价现状进行分析时发现,陕西省教育部直属高校绩效评价中存在缺乏统一的科技绩效评价体系、忽视科技产出的社会效益以及缺少科技产出质量方面的绩效评价问题。本研究基于财政部的绩效评价管理办法对科技绩效评价指标体系进行优化,在绩效评价指标体系中加入科技产出质量以及社会效益指标并进行分类,进而运用SPSS验证指标体系,发现指标体系合理。之后运用DEA方法和Malmquist指数法对陕西省教育部直属高校科技投入产出绩效评价指标体系进行应用,发现高校在产出数量、产出质量以及产出效益三方面不同的绩效,明确高校在今后需要提高产出绩效的主要方面。并提出高校应当重视对科技绩效的评价、高校需要制定科技绩效评价规则和高校应不断优化完善科技绩效评价体系的保障措施。