近年来中国的经济取得了高速发展，但这种成就在很大程度上是以牺牲生态环境为代价获得的。水是生命之源，水污染的问题在纷繁复杂的生态环境问题上显得尤为突出。在单一体制下，地方政府是水污染治理的主导者，深刻影响着治理效果，但地方政府在更多时候扮演着促进经济高速发展的推手角色，这两种职能在现实中呈现相互的冲突状态。一般情况下，地方政府表现出“经济人”趋利避害的行为特征，并且由于政府间委托代理关系造成的信息不对称，地方政府在提供水污染治理的公共服务时通常仅考虑自身利益，表现为选择履行经济职能而忽视环保职能。以国务院重点治理湖泊之一滇池的水污染治理为案例，在“经济人”假设和委托代理关系的视角下，通过动机与行为理论可以分析出地方政府在水污染治理过程中的行为逻辑。虽然地方政府在压力体制下采取了一些措施履行环保职能，但由于地方政府经济职能的相对重要性导致了激励不相容，造成了地方政府在治理滇池水污染时的行为困境。地方政府在治理过程中通常会采取策略性行为，在使自身利益最大化的考量下主要以经济目标为导向，履行部分环保职能，但这种行为却导致了一定程度的“治理失灵”。在对地方政府行为分析的基础上，建议采取正向激励和反向约束相结合的措施以促使行为主体履行职责,并且提出构建多元主体的治理模式,以期能够改善地方政府的策略性行为，从而能够走出“治理失灵”的行为困境。