随着的持续深化金融体系改革,近年来,中国的农村信用合作社(以下简称农村信用社)作为一个公司治理的企业,其资产规模快速增长,业务种类逐渐多元化发展,服务手段多样化增长,但在各类型的风险也随之上升的情况下,也增加了隐患,影响农村信用社的健康发展。任达华84万被银行职员的挪用炒股票、邯郸市农业银行金库盗窃案、农村信用社挪用股金案等最近发生的案例,无不发人深省,同时也给农村信用社的健康发展敲响了警钟。金融机构的内部审计作为最有效的监管手段,是加强金融机构的经营和管理,加强金融机构的自我约束机制的必要组成部分。因此,如何加强内部审计的独立性,建立健全内部审计制度改革,完善内部审计监督和管理机制成为当前迫切的需要。近年来,随着外资银行的大量涌入,中国邮政储蓄分离,成立邮政储蓄银行,一些村镇银行也已经获得批准,传统的农村信用社面临历史性的挑战。农村信用社如何战胜强大的对手,在金融业的地方站稳脚跟拥有一席之地?加强内部控制和管理、堵塞风险漏洞,成为竞争成败的一个重重的砝码。而创新审计监督和管理,加强审计监督力度,是决定这颗砝码的关键因素。本文通过从德州市农信社内部审计制度分析入手,指出：农村信用社设立的审计委员会普遍受到了监事会、理(董)事会的双重领导,因而实际上内审机构既要在审计委员会下,代表理事会对信用社业务活动的合规性、合法性和效益性进行独立的评价和监督,形成处于决策系统与执行系统之间的监督系统。又要在联社主任的领导下,参与联社的经营活动,受到联社的考核和管理。故此,内部审计人员既是企业经营管理活动的监督主体,又是实施企业经营管理活动决策的客体。这样的内部审计机构和功能的定位,造成了当前农村信用社传统的内部审计监控缺位、内控制度不健全、不完善性,导致了内部审核的执行力差、制度执行力不强、内部管理跟不上以及缺乏有效约束等诸多缺陷和问题。从审计制度方面来讲,实际上形成规章制度和执行人之间相互冲突、利益制衡,以致内部审计制度流于形式,难以有效发挥其作用。从会计准则的弹性应用方面来讲,内部的分权解释,导致了弹性准则的滥用和失控,严重影响了内部审计的独立性。从经济利益和关联关系方面讲,信用社内部审计成为了利益相关者进行利益协调、监督和获取决策信息的手段,在各方制衡之下,其独立性是有限的、不完整的。从压力均衡角度看,在现有体系中,审计监督部门受到理事会压力大且抵制压力能力薄弱,造成压力失衡,审计部门失去应有独立性。在与国内外同行业对比过程可以知道：农信社在信贷管理、财务管理、内控制度等方面还比较落后,有些问题是根本性的缺陷,特别是像内部审计的角度、层次、方式及方法和技术手段还比较落后,内部控制制度缺乏整体性和协调性,各部门之间缺乏协调配合导致不对称信息沟通,很难实施有效的标准程序的内部审计,审计的质量难以保证,严重制约了审计职能的充分发挥,形成了内部审计独立性低下的局面。依据上述对农村信用社内部审计体系独立性现状的影响因素分析,借鉴我国注册会计师审计独立性的要求以及美国等国家为提高内部审计独立性所做出的相关举措,我们应该从以下大方面采取措施来提高自己内部审计的独立性：一方面,应该完善行业内、外部环境。培育高质量独立审计需求的企业和社会环境,完善公司治理结构,改善企业的职业环境,构建完善的企业监管模式,以建立独立审计制度。另一方面,应该注重审计行业自身的完善。走专业化、规模化建设之路,发展集团审计,加强道德水平建设,建立人才培养机制,完善企业内部责任制度。并由此具体提出了建立规范的审计委员会并使审计部门彻底与经营分离、创新并逐步建立非现场审计体系等进一步建立和提高农村信用社内部审计独立性的措施。