白菜EST标记的建立及其应用研究

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利用现有的EST资源,首次在白菜中建立了2种EST分子标记——EST-PCR标记和EST-SSR标记,比较了EST-PCR标记、EST-SSR标记和gSSR标记3种不同标记在白菜品种间显示多态性的能力,分析了多态性EST标记和gSSR标记在F2群体的分离,并对白菜EST-PCR和EST-SSR标记对其它物种的通用性及EST-SSR标记在品种资源分析中的应用进行了探讨。主要结果如下: 明确了白菜EST中SSR的类型、发生频率和特点。利用RepeatMasker对4584白菜EST进行了搜索,含有SSR的EST共434条,占EST总数的9.5%,共发掘474个SSR,出现的频率为10.3%,共搜索到40种重复基元。其中,二核苷酸和三核苷酸重复类型占主导地位,二者出现的频率基本相近,占总SSR的近83%;其它重复类型重复所占比例均不足5%。 建立了白菜的EST-PCR和EST-SSR标记。根据白菜的表达序列标签,设计了28对EST-PCR引物和15对EST-SSR引物。在对引物、dNTP、MgCl2的浓度及退火温度等参数进行测试后,建立了合适的PCR反应体系。在此反应体系下,以构建EST的白菜自交系A的DNA为模板,对设计的引物进行了筛选,有18对EST-PCR引物和15对EST-SSR引物能扩增出产物。进一步用这些可扩增的引物对29个白菜品种进行PCR扩增,发现10对EST-PCR引物和7对EST-SSR引物显示多态性,分别占测试引物的55.6%和46.7%。这些结果表明,根据EST建立分子标记是一条简便而又有效的途径。 对EST-PCR、EST-SSR和gSSR标记揭示多态性的能力进行了比较。利用15对gSSR引物、18对EST-PCR引物和15对EST-SSR引物对29个白菜品种进行了分析,三种引物显示多态性的频率分别为60.0%、55.6%和46.7%,表明白菜gSSR标记所揭示的多态性要高于EST来源的标记。 分析了不同多态性标记在F2群体中的分离。利用72对引物,包括15对EST-SSR引物、41对EST-PCR引物和16对gSSR引物对构建F2群体的两个亲本进行了多态性分析,93.1%的引物得到了扩增产物,筛选到5个多态性标记,包括2个EST-PCR标记和3个gSSR标记,其中,80%的多态性标记在F2群体中表现为孟德尔式分离,20%显示异常分离,表明该F2代群体是适于构建遗传图谱作进一步研究的群体。 研究了白菜EST标记对近缘种油菜及远缘种水稻、玉米、高粱和茶树的通用性。利用
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