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瓜类细菌性果斑病(Bacterial Fruit Blotch, BFB)是一种由革兰氏阴性细菌--西瓜噬酸菌(Acidovorax citrulli)引起的植物细菌性病害。这种病害严重威胁葫芦科作物产业的发展。西瓜噬酸菌能够依靠种子远距离传播,快速有效的鉴定手段对于这种入侵生物的预防和控制的重要性不言而喻。目前,随着分子生物学的进一步发展,分子生物学检测方法被广泛应用于病原菌检测领域,聚合酶链式反应(PCR)就是一种高效的检测手段,通常被用来鉴定与检测多种植物病原菌,尤其适合用于鉴定与检测通过带菌种子传播的植物病原菌病害。现已有多组引物应用于西瓜噬酸菌特异性PCR检测中,其中使用最广泛的就是选自该病原菌16SrDNA区域的引物WFB1/2,但是这组引物早在之前的研究中就被报道过不能区分出西瓜噬酸菌亲缘近种,鉴于鉴定检测技术在防治瓜类细菌性果斑病中的重要地位,以及PCR是病害研究和检验检疫部门中广泛使用的检测技术,对这些引物进行一次系统地分析、比较和研究就显得非常重要。本研究选取了72株地理来源不同的西瓜噬酸菌菌株和63株非西瓜噬酸菌菌株,用7组国内外报道的、具有代表性的西瓜噬酸菌特异性PCR引物进行检测。这些引物分别选自细菌的16SrDNA、ITS、TRAP转运系统基因和回文序列,均来源于细菌的基因组DNA。实验结果显示其中只有源自BOX回文序列的引物BX-SL1R/S-R2特异性达到检测要求；来自于细菌基因组16SrDNA区域的2对引物在3株西瓜噬酸菌亲缘菌种菌株中均出现假阳性扩增,假阴性扩增结果分别为3例和4例；来自于细菌基因组ITS区域的2对引物中,引物Aacf2/r2出现5例假阴性扩增且在6株丁香假单胞菌株中出现假阳性扩增,SEQID4/5出现3例假阴性扩增且没有假阳性扩增；来自于细菌基因组TRAP转运系统基因区域的2对引物均在燕麦褐条病菌中出现假阳性扩增,其中引物RST49/51出现6例假阴性扩增,引物Seminis WFB1/2则出现高达10例的假阴性扩增结果。从灵敏度实验中得知,引物BX-SL1R/S-R2表现尚佳,能够满足实际检测需要。综合比较而言,具有高度特异性和较高灵敏度的引物BX-SL1R/S-R2较为适合应用在西瓜噬酸菌的鉴定检测中。实验结果显示回文序列在植物病原菌的检测领域应用的值得引起我们的关注。