新疆尼勒克吉仁台沟口遗址是伊犁河流域一处具有重要研究价值的青铜时代晚期聚落遗址,规模巨大,布局复杂,出土遗物丰富,它的发掘为建立伊犁河流域的史前考古学文化序列、了解伊犁河流域青铜时代考古学文化的具体面貌和早期中西文化的交流提供了极为宝贵的资料,对该遗址的全面、详细的研究有利于我们更好地了解吉仁台沟口遗址的文化内涵。考古工作者在吉仁台沟口遗址中发掘出了大量的动物骨骼遗骸,这些古动物遗骸以牛、马、羊居多,同时也有少量不明种属的野生动物遗骸,对这些野生动物遗骸的研究有利于我们了解古代居民的饮食结构、狩猎活动、经济模式等重要问题。我们在吉仁台沟口遗址收集到了9个野生动物遗骸,确切的种属不确定,需要通过古DNA的方法鉴定它们的种属。通过对吉仁台沟口遗址出土的9例不明种属动物遗骸展开古DNA测序分析,得到了5个理想的线粒体全基因组数据,并开展了古DNA分析。从Gen Bank数据库下载了42例线粒体全基因组序列,包括盘羊以及其他物种,利用相关软件将获得的数据与下载数据进行系统发育分析,构建NJ树、ML树及bayes树,系统发育结果显示古代样本与盘羊聚在一支,置信度较高,证明这5例样本是盘羊(Ovis ammon)。细胞色素b分析也显示了相同的结果。这表明生活在吉仁台沟口遗址的古代居民采取农业经济、畜牧经济相结合的方式,并且掌握成熟的狩猎技术,狩猎是获取食物的补充方式。此外,Bayesian skyline plot(BSP)分析结果显示,距今3300年之后的母系种群经历了群体扩张,这可能与人类活动直接相关,生产技术的进步,使得人们逐渐减少狩猎在获取食物的方式中所占的比重,所以盘羊母系种群的数量有所上升。